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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子动力学报错
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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学报错已有2人参与

各位大侠，我最近用DS做完分子对接后用自己对接的结果跑动力学时，总是报错，报错结果显示是CHARMm力场异常终止，可我在做之前都添加了CHARMm力场，请问这是怎么回事呢，应该怎样处理呢。下面是报错的截图，请各位大侠帮忙分析分析。不胜感激！

分子动力学报错
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分子动力学报错-1
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分子动力学报错-2
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分子动力学报错-3
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1楼2016-03-29 10:19:25
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
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2楼2016-05-05 22:24:15
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匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。
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3楼2016-05-05 22:36:52
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童心

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看你是经过2次MM然后直接上SD，你mm结果看能量变化还挺大，建议现mm收敛更大标准，你现在是设定RMS0.1吧，这个不够，往0.01,0.001去跑，把能量跑的平衡点再SD。
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4楼2016-05-09 10:30:04
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珍维永久

金虫 (小有名气)
好的，谢谢了

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5楼2016-11-06 20:12:11
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cunzaigan at 2016-05-05 22:36:52
再然后，ds算动力学太业余了，蛋白稍微大一点就会出现“solvation size too large”，然后跑得过程中会出现像你所说的“charmm没有应用于分子”，我也遇见了，可以试试再除去力场后添加力场。此外，公认比较好的计 ...

非常感谢

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6楼2016-11-06 20:12:35
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