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[求助]
求助，靶向分子动力学模拟始态和终态原子数不同可以做么？
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| 我做的课题是用靶向分子动力学研究蛋白质的构象变化，始态终态两个体系是一个蛋白的向内张开与向外张开构象与细胞膜膜的复合体系，所用的软件是NAMD。由于两个体系的空间大小并不相同，所以在除去与蛋白重叠的部分popc膜时除去的原子数也不同，之后添加的水分子数也不同，最后两个体系的原子数有了一定的差距；再往下进行靶向分子动力学的时候总是报错两个体系的原子数不同，我研究的对象只是蛋白质分子，剩下的popc膜和水分子都不是研究重点，有没有办法能在当前体系下只对蛋白进行靶向分子动力学模拟，望大神赐教。 |
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