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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？
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1楼 2016-03-28 09:39:00
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

我做的是RDX，参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间，一直在纠结平衡的问题，理论上是应该平衡后再进行轨迹，但是我的问题是本来平衡了，接着进行轨迹就又不平衡了，不知道该怎么办
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3楼2016-03-29 10:56:07
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
大神看到帮帮忙问题可能比较幼稚，但真的真的纠结
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5楼2016-03-30 09:16:08
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 12:28:12
你是怎么确定前100ps用于平衡的呢？不是只有一个总的动力学时间吗？

因为书上说前100ps用于平衡，后100ps用于统计分析
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9楼2016-03-30 16:00:58
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？
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11楼2016-03-30 16:16:35
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?
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12楼2016-03-30 16:18:28
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by zmy0714 at 2016-03-30 12:30:02
一般是一步完成，根据构象的稳定性，确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?
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13楼2016-03-30 16:19:55
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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10楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
请问你是怎么设置的
...

Dynamics模块里边先设定跑100ps，结束后用当下的模型再跑100ps
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14楼2016-03-30 16:22:34
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8. ...

是的呢，我用的5.5版本，因为之前一直觉得Forcite不好用，最开始学的是Discover模块，Forcite是不是键能、键长、分子质心移动这些都可以算哈
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18楼2016-03-30 16:49:39
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
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17楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:27:11
可以。...

哦，功能这么强大，也谢谢你这么耐心详细的回复哦，等金币多了，多送你几多小红花，谢谢！
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19楼2016-03-30 16:54:05
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