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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟,一共进行200PS的模拟,前100ps用于平衡,后100ps用于动态分析,为什么第二阶段开始时就不平衡了,是不是两个阶段需要一步完成,直接200ps?
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
请问你是怎么设置的
...

Dynamics模块里边先设定跑100ps,结束后用当下的模型再跑100ps
14楼2016-03-30 16:22:34
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

我也是新手,不知道你的分析结构是否复杂?如果体系复杂的话200ps是不是有点短?

发自小木虫Android客户端
2楼2016-03-28 20:15:53
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手,不知道你的分析结构是否复杂?如果体系复杂的话200ps是不是有点短?

我做的是RDX,参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间,一直在纠结平衡的问题,理论上是应该平衡后再进行轨迹,但是我的问题是本来平衡了,接着进行轨迹就又不平衡了,不知道该怎么办
3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

我也不懂了,那期待其他大神的回复吧

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-29 10:59:04
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