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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟,一共进行200PS的模拟,前100ps用于平衡,后100ps用于动态分析,为什么第二阶段开始时就不平衡了,是不是两个阶段需要一步完成,直接200ps?
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

我也是新手,不知道你的分析结构是否复杂?如果体系复杂的话200ps是不是有点短?

发自小木虫Android客户端
2楼2016-03-28 20:15:53
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite,分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面,Discover模块还有自带的结果分析功能?
如果有的话,你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场,8.0提升了Dmol3的计算效率,这些都是很显著的功能升级。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
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普通回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手,不知道你的分析结构是否复杂?如果体系复杂的话200ps是不是有点短?

我做的是RDX,参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间,一直在纠结平衡的问题,理论上是应该平衡后再进行轨迹,但是我的问题是本来平衡了,接着进行轨迹就又不平衡了,不知道该怎么办
3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)

我也不懂了,那期待其他大神的回复吧

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-29 10:59:04
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

大神看到帮帮忙问题可能比较幼稚,但真的真的纠结
5楼2016-03-30 09:16:08
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czj1019

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

6楼2016-03-30 12:28:12
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

一般是一步完成,根据构象的稳定性,确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

发自小木虫IOS客户端
人生第一个五年规划,加油咯
7楼2016-03-30 12:30:02
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不需要两个阶段一起完成,分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间,如果系统没平衡,再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性,直到平衡达到了,再进行下一步的数据分析。
此外,建议舍弃用Discover模块,用Forcite模块替代,前者计算效率太低下,费时费力。而且不管什么模块(Dmol3 CASTEP GULP)产生的MD结果文件,最终都得在Focite模块中进行分析。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
8楼2016-03-30 12:43:01
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 12:28:12
你是怎么确定前100ps用于平衡的呢?不是只有一个总的动力学时间吗?

因为书上说前100ps用于平衡,后100ps用于统计分析
9楼2016-03-30 16:00:58
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czj1019

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

10楼2016-03-30 16:09:58
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