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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？
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1楼 2016-03-28 09:39:00
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块，用Forcite模块替代，前者计算效率太低下，费时费力。而且不管什么模块（Dmol3 CASTEP GULP）产生的MD结果文件，最终都得在Focite模块中进行分析。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
8楼2016-03-30 12:43:01
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

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2楼2016-03-28 20:15:53
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

我做的是RDX，参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间，一直在纠结平衡的问题，理论上是应该平衡后再进行轨迹，但是我的问题是本来平衡了，接着进行轨迹就又不平衡了，不知道该怎么办
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3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也不懂了，那期待其他大神的回复吧

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4楼2016-03-29 10:59:04
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