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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟,一共进行200PS的模拟,前100ps用于平衡,后100ps用于动态分析,为什么第二阶段开始时就不平衡了,是不是两个阶段需要一步完成,直接200ps?
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不需要两个阶段一起完成,分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间,如果系统没平衡,再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性,直到平衡达到了,再进行下一步的数据分析。
此外,建议舍弃用Discover模块,用Forcite模块替代,前者计算效率太低下,费时费力。而且不管什么模块(Dmol3 CASTEP GULP)产生的MD结果文件,最终都得在Focite模块中进行分析。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
8楼2016-03-30 12:43:01
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-30 16:27:48
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer,那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢,平衡是不是就意味着结构最优了,我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗?...

Discover中minimizer和Forcite 中几何优化功能是一样的。
Forcite模块的功能完全覆盖Discover,如果没记错的话,新版MS已经移除了Discover这个模块。
几何优化之后再跑平衡的目的是为了让平衡更快达到,不作几何优化,直接跑MD以平衡,也没什么问题。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
15楼2016-03-30 16:24:23
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite,分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面,Discover模块还有自带的结果分析功能?
如果有的话,你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场,8.0提升了Dmol3的计算效率,这些都是很显著的功能升级。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
13楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:19:55
楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?...

可以。
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17楼2016-03-30 16:27:11
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