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liogerrow木虫 (著名写手)
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MS分子动力学模拟时如何保持分子结构不变化
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| 在用Materials Studio建模进行分子动力学模拟时，怎样对大分子的结构进行固定设置，比如碳纳米管或者聚合物链，从而能够使它们的结构在模拟时不发生变化，如扭曲、弯曲等，但需要它们与周围的分子还能产生相对运动，不是完全的固定，只是保持其结构的相对固定。 |
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liogerrow(金币+3): 多谢帮助 2011-11-29 19:28:37
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不知Motion groups工具是否就是你想要的，但不确定该工具是否在discover模块中有效，需要实际测试一下。 以下是help文件中Motion groups的说明： A motion group is a collection of particles that can be translated or rotated such that the coordinates of each particle in the group remain fixed relative to the coordinates of all the other particles in the group. The default point of rotation for a motion group is its center of mass. Motion groups are often used to model rigid bodies, which are employed in modules such as Reflex and Polymorph to constrain the geometries of fragments or functional groups, while allowing their location and orientation within a crystal cell to be optimized. Rigid body methods often speed up calculations. Note. While motion groups are often used to define rigid bodies, they do not impose any constraints directly. You can alter the location of an atom or a bead in a motion group using the standard editing tools in the Materials Visualizer. |
2楼2011-11-26 00:13:07
liogerrow
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