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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？
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1楼 2016-03-28 09:39:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

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2楼2016-03-28 20:15:53
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8.0提升了Dmol3的计算效率，这些都是很显著的功能升级。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
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普通回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

我做的是RDX，参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间，一直在纠结平衡的问题，理论上是应该平衡后再进行轨迹，但是我的问题是本来平衡了，接着进行轨迹就又不平衡了，不知道该怎么办
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3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也不懂了，那期待其他大神的回复吧

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4楼2016-03-29 10:59:04
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
大神看到帮帮忙问题可能比较幼稚，但真的真的纠结
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5楼2016-03-30 09:16:08
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czj1019

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2016-03-30 12:28:12
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)
一般是一步完成，根据构象的稳定性，确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

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人生第一个五年规划，加油咯
7楼2016-03-30 12:30:02
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块，用Forcite模块替代，前者计算效率太低下，费时费力。而且不管什么模块（Dmol3 CASTEP GULP）产生的MD结果文件，最终都得在Focite模块中进行分析。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
8楼2016-03-30 12:43:01
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 12:28:12
你是怎么确定前100ps用于平衡的呢？不是只有一个总的动力学时间吗？

因为书上说前100ps用于平衡，后100ps用于统计分析
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9楼2016-03-30 16:00:58
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czj1019

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
10楼2016-03-30 16:09:58
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