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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？
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11楼2016-03-30 16:16:35
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?
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12楼2016-03-30 16:18:28
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zmy0714 at 2016-03-30 12:30:02
一般是一步完成，根据构象的稳定性，确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?
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13楼2016-03-30 16:19:55
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
请问你是怎么设置的
...

Dynamics模块里边先设定跑100ps，结束后用当下的模型再跑100ps
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14楼2016-03-30 16:22:34
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-30 16:27:48
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？...

Discover中minimizer和Forcite 中几何优化功能是一样的。
Forcite模块的功能完全覆盖Discover，如果没记错的话，新版MS已经移除了Discover这个模块。
几何优化之后再跑平衡的目的是为了让平衡更快达到，不作几何优化，直接跑MD以平衡，也没什么问题。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
15楼2016-03-30 16:24:23
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8.0提升了Dmol3的计算效率，这些都是很显著的功能升级。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:19:55
楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?...

可以。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
17楼2016-03-30 16:27:11
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8. ...

是的呢，我用的5.5版本，因为之前一直觉得Forcite不好用，最开始学的是Discover模块，Forcite是不是键能、键长、分子质心移动这些都可以算哈
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18楼2016-03-30 16:49:39
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:27:11
可以。...

哦，功能这么强大，也谢谢你这么耐心详细的回复哦，等金币多了，多送你几多小红花，谢谢！
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19楼2016-03-30 16:54:05
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小布1994

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？...

Forcite里面有一个Geometry optiminization ,是用这个进行结构优化吧
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20楼2016-04-05 14:22:35
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