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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成,分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间,如果系统没平衡,再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性,直到平衡达到了,再进行下一步的数据分析。
此外,建议舍弃用Discover模块, ...

我看Forcite模块里面没有minimizer,那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢,平衡是不是就意味着结构最优了,我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗?
11楼2016-03-30 16:16:35
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成,分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间,如果系统没平衡,再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性,直到平衡达到了,再进行下一步的数据分析。
此外,建议舍弃用Discover模块, ...

没用过Forcite,分析轨迹的时候可以选取范围吗?
12楼2016-03-30 16:18:28
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

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7楼: Originally posted by zmy0714 at 2016-03-30 12:30:02
一般是一步完成,根据构象的稳定性,确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?
13楼2016-03-30 16:19:55
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

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10楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
请问你是怎么设置的
...

Dynamics模块里边先设定跑100ps,结束后用当下的模型再跑100ps
14楼2016-03-30 16:22:34
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-30 16:27:48
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer,那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢,平衡是不是就意味着结构最优了,我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗?...

Discover中minimizer和Forcite 中几何优化功能是一样的。
Forcite模块的功能完全覆盖Discover,如果没记错的话,新版MS已经移除了Discover这个模块。
几何优化之后再跑平衡的目的是为了让平衡更快达到,不作几何优化,直接跑MD以平衡,也没什么问题。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
15楼2016-03-30 16:24:23
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite,分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面,Discover模块还有自带的结果分析功能?
如果有的话,你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场,8.0提升了Dmol3的计算效率,这些都是很显著的功能升级。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
13楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:19:55
楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?...

可以。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
17楼2016-03-30 16:27:11
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面,Discover模块还有自带的结果分析功能?
如果有的话,你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场,8. ...

是的呢,我用的5.5版本,因为之前一直觉得Forcite不好用,最开始学的是Discover模块,Forcite是不是键能、键长、分子质心移动这些都可以算哈
18楼2016-03-30 16:49:39
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:27:11
可以。...

哦,功能这么强大,也谢谢你这么耐心详细的回复哦,等金币多了,多送你几多小红花,谢谢!
19楼2016-03-30 16:54:05
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小布1994

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer,那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢,平衡是不是就意味着结构最优了,我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗?...

Forcite里面有一个Geometry optiminization ,是用这个进行结构优化吧
20楼2016-04-05 14:22:35
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