应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS分子动力学模拟
222/3返回列表上一页123下一页
查看: 3823  |  回复: 21
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？
赞一下 回复此楼
11楼2016-03-30 16:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?
赞一下 回复此楼
12楼2016-03-30 16:18:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zmy0714 at 2016-03-30 12:30:02
一般是一步完成，根据构象的稳定性，确定提取数据的范围。只有大致稳定了就行。

楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?
赞一下 回复此楼
13楼2016-03-30 16:19:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
请问你是怎么设置的
...

Dynamics模块里边先设定跑100ps，结束后用当下的模型再跑100ps
赞一下 回复此楼
14楼2016-03-30 16:22:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-30 16:27:48
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？...

Discover中minimizer和Forcite 中几何优化功能是一样的。
Forcite模块的功能完全覆盖Discover，如果没记错的话，新版MS已经移除了Discover这个模块。
几何优化之后再跑平衡的目的是为了让平衡更快达到，不作几何优化，直接跑MD以平衡，也没什么问题。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
15楼2016-03-30 16:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:18:28
没用过Forcite，分析轨迹的时候可以选取范围吗?...

Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8.0提升了Dmol3的计算效率，这些都是很显著的功能升级。
赞一下(1人) 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
16楼2016-03-30 16:26:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:19:55
楼主意思是我在进行轨迹分析的时候是可以自己设定分析范围的吗?...

可以。
回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
17楼2016-03-30 16:27:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8. ...

是的呢，我用的5.5版本，因为之前一直觉得Forcite不好用，最开始学的是Discover模块，Forcite是不是键能、键长、分子质心移动这些都可以算哈
赞一下 回复此楼
18楼2016-03-30 16:49:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:27:11
可以。...

哦，功能这么强大，也谢谢你这么耐心详细的回复哦，等金币多了，多送你几多小红花，谢谢！
赞一下 回复此楼
19楼2016-03-30 16:54:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小布1994

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？...

Forcite里面有一个Geometry optiminization ,是用这个进行结构优化吧
赞一下 回复此楼
20楼2016-04-05 14:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 li李晓晓 的主题更新
222/3返回列表上一页123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 04:27 by DgNGHc3h5tPl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-16 04:23 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 03:59 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-16 03:23 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:59 by zNcEhTcH7ihq
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:47 by zNcEhTcH7ihq
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:23 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:11 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:47 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:39 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-15 15:14 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭