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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？
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1楼 2016-03-28 09:39:00
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
li李晓晓: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-03-30 16:27:48
引用回帖:
11楼: Originally posted by li李晓晓 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？...

Discover中minimizer和Forcite 中几何优化功能是一样的。
Forcite模块的功能完全覆盖Discover，如果没记错的话，新版MS已经移除了Discover这个模块。
几何优化之后再跑平衡的目的是为了让平衡更快达到，不作几何优化，直接跑MD以平衡，也没什么问题。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
15楼2016-03-30 16:24:23
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

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2楼2016-03-28 20:15:53
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

我做的是RDX，参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间，一直在纠结平衡的问题，理论上是应该平衡后再进行轨迹，但是我的问题是本来平衡了，接着进行轨迹就又不平衡了，不知道该怎么办
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3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也不懂了，那期待其他大神的回复吧

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4楼2016-03-29 10:59:04
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