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li李晓晓

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[求助] MS分子动力学模拟已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？

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1楼 2016-03-28 09:39:00

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li李晓晓

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 12:43:01
不需要两个阶段一起完成，分开也不影响。
不要人为规定计算用多少时间，如果系统没平衡，再计算一段时间即可。平衡阶段用时应当有弹性，直到平衡达到了，再进行下一步的数据分析。
此外，建议舍弃用Discover模块， ...

我看Forcite模块里面没有minimizer，那是不是可以不用结构优化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味着结构最优了，我能把结构优化和松弛过程理解为可以合二为一吗？