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li李晓晓

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子动力学模拟 已有1人参与

用MS的discover模块进行分子动力学模拟，一共进行200PS的模拟，前100ps用于平衡，后100ps用于动态分析，为什么第二阶段开始时就不平衡了，是不是两个阶段需要一步完成，直接200ps？
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1楼 2016-03-28 09:39:00
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 月只蓝 at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模块的MD结果分析功能只会比Discover中的强大。
难道你的MS版本里面，Discover模块还有自带的结果分析功能？
如果有的话，你的MS版本就太旧了。至少升级到MS6.0以上。
MS 7.0扩充了COMPASS力场，8. ...

是的呢，我用的5.5版本，因为之前一直觉得Forcite不好用，最开始学的是Discover模块，Forcite是不是键能、键长、分子质心移动这些都可以算哈
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18楼2016-03-30 16:49:39
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

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2楼2016-03-28 20:15:53
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li李晓晓

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ninitongtong at 2016-03-28 20:15:53
我也是新手，不知道你的分析结构是否复杂？如果体系复杂的话200ps是不是有点短？

我做的是RDX，参照肖继军的那本《高能材料分子动力学》专著上的时间，一直在纠结平衡的问题，理论上是应该平衡后再进行轨迹，但是我的问题是本来平衡了，接着进行轨迹就又不平衡了，不知道该怎么办
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3楼2016-03-29 10:56:07
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ninitongtong

新虫 (小有名气)
我也不懂了，那期待其他大神的回复吧

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4楼2016-03-29 10:59:04
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