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温柔一刀刀

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】帮忙看一下文献中这个real time PCR结果，弄糊涂了 已有2人参与

第一个问题：图中纵坐标的△ct，是说明△ct公式还是说纵坐标的值就是△ct呢？
另外，如果△Ct是正值，说明目的基因原始拷贝数低于内参基因，△CT越大，说明目的基因mRNA表达越低啊，
图注中为什么说是更高呢？
糊涂了
第二个问题：如果是临床组织标本做相对定量，最终看有没有统计学意义，是不是应该算出每例标本中目的基因的2~-△△CT或是2~-△ct，然后进行统计分析啊，还是直接用△CT做统计分析?
高手们帮忙看看，多谢啦！

【求助】帮忙看一下文献中这个real time PCR结果，弄糊涂了
无标题.png
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雄关漫道真如铁~
1楼 2016-03-22 18:43:07
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a314919473

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
温柔一刀刀: 金币+2, ★有帮助, 没有最终解决问题，但希望继续和您探讨一下，呵呵 2016-03-23 18:45:14
LZ你再仔细看看这张图，写的很清楚啊
△Ct是正值，说明目的基因原始拷贝数高于内参基因，目的CT-内参CT，CT值越大，含量越低，这个不理解？
一个20循环起峰，一个25循环起峰，哪个量多？当然是20的那个。
相对定量2~-△△CT没问题，这个柱状图有的话更好
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有你真好
2楼2016-03-23 13:20:27
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温柔一刀刀

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by a314919473 at 2016-03-23 13:20:27
LZ你再仔细看看这张图，写的很清楚啊
△Ct是正值，说明目的基因原始拷贝数高于内参基因，目的CT-内参CT，CT值越大，含量越低，这个不理解？
一个20循环起峰，一个25循环起峰，哪个量多？当然是20的那个。
相对定 ...

Ct值是底物到达阈值需要的循环数啊，
照您所说，
比如A 20个循环起峰，CT值即为 20
      B  25个循环起峰，CT值即为25
    照此来看，A的量多，因为A到达阈值需要的循环数要少
那么△ct=（CT_A  -  CT_B）= -5
这个柱状图还是没看懂
anyway ，thank u，希望能继续探讨
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雄关漫道真如铁~
3楼2016-03-23 18:43:28
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a314919473

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 温柔一刀刀 at 2016-03-23 18:43:28
Ct值是底物到达阈值需要的循环数啊，
照您所说，
比如A 20个循环起峰，CT值即为 20
      B  25个循环起峰，CT值即为25
    照此来看，A的量多，因为A到达阈值需要的循环数要少
那么△ct=（CT_A  -  CT_B）=  ...

那么△ct=（CT_A  -  CT_B）= -5 ，错的
反了，人家图上有标注的，是目的基因-内参基因
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有你真好
4楼2016-03-24 09:28:46
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温柔一刀刀

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by a314919473 at 2016-03-24 09:28:46
那么△ct=（CT_A  -  CT_B）= -5 ，错的
反了，人家图上有标注的，是目的基因-内参基因...

△CT = CT_目的基因-CT_内参基因
这个公式肯定没有问题，
咱们看图说话，A图中，高级别胶质瘤组，△CT高于低级别胶质瘤组，说明高级别胶质瘤组中目的基因达阈值需要的循环数多于低级别胶质瘤组啊，间接说明目的基因的相对表达量在高级别胶质瘤组要低于低级别胶质瘤组。
而在图注中则说高级别胶质瘤组中目的基因的相对表达量要高
这是矛盾的啊，我就糊涂在这里
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雄关漫道真如铁~
5楼2016-03-24 12:28:12
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温柔一刀刀

新虫 (初入文坛)
假设高级别胶质瘤组中目的基因CT值为28
      低级别胶质瘤组中目的基因CT值为18
归一化都减去内参基因的CT值，假定为15
那么：高级别组 △CT= 28-15=13
         低级别组 △CT= 18-15=3
只能说明目的基因的相对表达量在高级别胶质瘤组中较内参基因相差的更多，在归一化使用同一内参的时候，提示高级别组目的基因的相对表达量低于低级别组。

因为自己也要做论文分析数据，网上查了好多相对定量的帖子，看到这个真是糊涂了，如果文献中用△ct分析的有道理，我也准备这么用了，毕竟有据可查。
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雄关漫道真如铁~
6楼2016-03-24 12:50:24
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你太善良

新虫 (著名写手)
难道意思是内参基因表达量默认一致吗？

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7楼2016-03-26 09:02:15
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你太善良

新虫 (著名写手)
如果没有其他说明，比如什么调整cDNA让内参均一什么的。这个不严谨吧。

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8楼2016-03-26 09:03:53
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

嗯......................
    比内参，你可以当成绝对表达量（虽然和绝对定量没关系），只是校正样品间差异，这时的结果是相对于内参基因的表达量。
    第二个deltaCT比不同样品间同一基因的表达变化，就是把目标（被减去)样品中该基因校正为1，其他样品中同一基因是它的相对表达量。
   一般，做处理的实验一般以这种形式表达。目标样品就是Control组，对比样品就是实验组。第一步，校正样品间差异（就是比内参)，第二布，进行样品间，同一基因比较。
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Let God do with it as He wills
9楼2016-03-26 14:19:16
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
说实话，先弄明白定量的意义再看图，比看图再讨论实验是怎么做的要合适
因为就是有些人就喜欢Show些不规范的结果发表方式.................
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Let God do with it as He wills
10楼2016-03-26 14:21:23
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