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分类 共搜索到 62 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
第一性原理 从VASP的OUTCAR提取xyz以及结构优化的轨迹
bin/bashpwd1=`echo${PWD#*/}`natom=`grep\'NIONS\'OUTCAR|tail-1|awk\'{printf"%s\\n",$12}\'`last=`sed-n\'/totaldrift:/\'OUTCAR|tail-1`iaf=`echo"$last-2-$natom"|bc-l`echo$natomopt....
valenhou001 2019-10-29 07:52
第一性原理 VASP计算E-V曲线脚本求助
我用深圳超算,其脚本如下...echoa=$aE=$(grep"energywithoutentropy"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%14.8f\n",$5}')V=$(grep"volume"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%14.8f\n",$5}')echo$E$VE-V.txt
木冰天化 2019-04-17 03:33
第一性原理 K点测试疑问
echo"kmesh=$ix$ix$i"timevaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`KP=`grep"irreducible"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%5i\n",$2}'`echo$i$KP$Ecommentdone
风信子fgl 2018-06-23 10:59
第一性原理 ENCUT收敛性脚本测试问题
各位大神好小弟是vasp小白请问大家如何将侯博有关vaspENCUT收敛性测试的脚本用在自己的run文件中...timevaspE=‘grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk’{printf"%12.6f\n",$5}’‘echo$i$Ecommentdone
Y/XT 2018-04-12 09:27
第一性原理 计算热膨胀系数提交不上去
docd$iphonopy-fdisp-*/vasprun.xmlphonopy-mp="$mp"-t-dim="$dim"-pa="$pa"-tmax=2004-tstep=2volume=`grepvolumeperfect/vasprun.xml|tail-n1|awk-F'<|''{printf("%20.13f",$3)}'`energy=...
chenxiaoqian 2017-09-21 01:51
第一性原理 如何选择ENCUT的几个问题
timevaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo$i$Ecommentdone然后我把这个放在根目录下~/bin执行chmode+xrun_ecut.sh然后放在我的文件夹下执行提示错误如下:...
maoxinxina 2016-10-08 09:36
第一性原理 脚本运行方式
通过./XX.sh运行显示:./job.sh:line15:warning:...vaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`K=`grep"irred"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%4i\n",$2}'`echo$K$ESUMMARYdone
Sparks_Fly 2016-09-27 05:51
第一性原理 初学—按照侯老师教程,单晶Al晶格优化失败
timevaspE=`grep“TOTEN”OUTCAR|tail-1|awk‘{printf“%12.6f\n”,$5}’`V=`grep“volume”OUTCAR|tail-1|awk‘{printf“%12.4f\n”,$5}’`echo$V$EEtVo.datecho$i$ESUMMARYdone
Sparks_Fly 2016-09-27 02:40
第一性原理 侯老师脚本测试K点、截断能详解,适合零基础!
echo"kmesh=$ix$ix$i"timevaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`KP=`grep"irreducible"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%5i\n",$2}'`echo$i$KP$Ecommentdone下面是脚本...
从心而觅 2016-09-02 11:09
第一性原理 awk-printf
请问我使用什么命令能够输出lengthofvectors的下一行lengthofvectors12.91643354810.5133202773.8710214680.0774207520.0951174290.25832974864}~)B)F0U8X{_`BIH4(7F.png
luobo123456 2016-08-30 04:46
第一性原理 侯老师 K点测试问题,求帮解决!
问题如下:[rootlocalhostRun_k-Fe-...vasp5.2E=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`KP=`grep"irreducible"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%5i\n",$2}'`echo$i$KP$Ecommentdone
lisu555 2016-08-29 02:59
第一性原理 利用侯老师的脚本VASP截断能测试 出现问题如下,怎么解决呢?
[rootlocalhostSI-ecut-lda-us]#bashecut.shENCUT=100eVrunningon1...timevasp5.2E=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo$i$Ecommentdone哪位大侠帮忙分析一下谢谢!
lisu555 2016-08-29 11:58
第一性原理 VASP优化晶格参数
echo"$a$b"time-pmpirun-np32vasp5.2.12logE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`V=`grep"volume"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.4f\n",$5}'`echo$a$b$E./Volume.datcd....
yangchen123 2016-07-27 08:31
第一性原理 侯柱峰博士说明里面的shell脚本程序在那里写,怎样运行
刚自学vasp,Linux没有什么基础,我用的是centoes6.5和vasp3.5.5.请教各位大神:侯柱峰博士说明...timevaspE=‘grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk’{printf"%12.6f\n",$5}’‘echo$i$Ecommentdone
adailbj 2016-07-23 02:28
第一性原理 VASP在深圳超算上如何做计算前,截断能,K点,晶格常数等测试
timevaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo$i$Ecommentdone这是在网上下载的脚本,大概应该是侯博士的教程里面的,但是我不清楚这个脚本如何使用,我是在深圳...
jackjiejl 2016-03-15 01:05
第一性原理 求教vasp中的PBS脚本如何实现循环?
比如我想实现以下的循环,用PBS脚本提交任务的话,应该怎么编写?新人,没金币,不好意思了#!...timevaspE=‘grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk’{printf"%12.6f\n",$5}’‘echo$i$Ecommentdone
635585968 2015-12-10 01:03
第一性原理 vasp用的pbs脚本问题
初学vasp,什么也不会#PBS-Nws2#PBS-lnodes=1:ppn=12cd$PBS_O_WORKDIRcp$PBS_...timevaspTS=‘grep"EENTRO"OUTCAR|tail-1|awk’{printf"%12.6f\n",$5}’‘echo$i$TScommentdone
635585968 2015-12-08 02:25
第一性原理 K 点收敛性测试comment文件无能量输出
mpirun-np$NP-machinefile$PBS_NODEFILE/public2/home/wuli/liupei5134/bin/vasp53KP=`grep"irreducible"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo$i$KP$Ecommentdone
默默七月 2015-11-24 06:57
第一性原理 急求:vasp计算中截止能的测试
截止能测试的步骤是这样的吗?将poscar,kpoints,potcar,和作业提交命令qsub放在...timevaspE=‘grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk’{printf"%12.6f\n",$5}’‘echo$i$Ecommentdone请问是这样的吗
量化-宁 2015-11-18 07:42
第一性原理 请问VASP计算时,为什么我的POSCAR稍微改了下,结果能差那么多
timevaspE=$(grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}')echo$i$Ecommentdone可为什么结果却是以下两种呢,上面的POSCAR是从同一个CIF中转换而来的,不过一个是用VESTA,另一个...
suspend2014 2015-07-22 08:11
第一性原理 应力-应变曲线怎么画?
最近要画应力应变曲线,但是刚刚接触这个不会作。求大神帮忙。...mpirun-np4vasp-pE=`grep"TOTEM"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo"E=$E"echo$i$Ea.datdone
ming_xue 2015-06-25 08:10
第一性原理 请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本?
各位虫友,vasp计算前,必须先测试ENCUT和K点的数量是否能使能量收敛,在单机上运行,仿照侯柱峰老师...timevaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`echo$i$Ecommentdone
jugengfans 2015-05-18 01:50
第一性原理 关于晶格常数弛豫,一直有个疑问
比如,对于石墨烯,假设PBE泛函能量...timevaspE=‘grep/TOTEN0OUTCAR|tail-1|awk-{printf/12.6f\n0,$5}.‘V=‘grep/volume0OUTCAR|tail-1|awk-{printf/12.4f\n0,$5}.‘echo$V$EEtVo.datdone
甲斐之虎 2015-04-27 10:47
第一性原理 用vasp做结构参数的优化时输出文件中只有一组体积-能量数据,求...
timevaspE=`grep'TOTEN'OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}'`V=`grep'volume'OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.4f\n",$5}'`echo$V$EEtVo.datdoneINCAR.relax文件:SYSTEM=bulkrutileTiO...
空谷新苗 2015-03-23 02:59
第一性原理 linux集群使用问题
本人需要指定输出能量到...echo"ENCUT=$ieV"./vaspE=`grep"TOTEN"OUTCAR|tail-1|awk'{printf"%12.6f\n",$5}’`#第15行echo$i$Ecomment#第16行done错误如下:./do:commandsubstitution:line15:...
liuchenhan 2014-12-13 02:57