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chenxiaoqian

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 2952102
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专业: 原子和分子物理

[求助] 计算热膨胀系数提交不上去

我在用qha的方法计算热膨胀系数，用的是学校的集群，用./script-qha.sh -r提交可是作业提交不上去，提交后显示取消。
script-qha.sh文件内容为：
[chenq@su01 qha-test]$ cat script-qha.sh
#!/bin/bash

dim="1 1 1"
pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0"
mp="3 3 3"
nunit=32

while getopts ':mrc' opt; do
  case $opt in
m)
   for i in `/bin/ls QHAPOSCAR*`;do
qhaname=`echo $i|sed s/POSCAR//`
mkdir $qhaname
mv $i $qhaname/POSCAR
cd $qhaname
pwd
phonopy -d --dim="$dim"
for j in `/bin/ls POSCAR-*`;do
   dispname=`echo $j|sed s/POSCAR/disp/`
   mkdir $dispname
   mv $j $dispname/POSCAR
   cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} $dispname
done
mkdir perfect
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} perfect
cp SPOSCAR perfect/POSCAR
cd ..
   done
   ;;
r)
   for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
pwd
vol=`echo $i|sed s/QHA-//`
# For displacements
    for j in `/bin/ls -d disp-*`;do
       cd $j
       pwd
       num=`echo $j|sed s/disp-//`
       sed s/num/$num/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|qsub
       cd ..
    done
# For perfect
cd perfect
   sed s/num/per/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|qsub
cd ..
cd ..
   done
   ;;
c)
   echo "# cell volume       energy of cell other than phonon" > e-v.dat
   for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
phonopy -f disp-*/vasprun.xml
phonopy --mp="$mp" -t --dim="$dim" --pa="$pa" --tmax=2004 --tstep=2
volume=`grep volume perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
energy=`grep e_wo_entrp perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
cd ..
echo `echo "$volume/$nunit"|bc -ls` `echo "$energy/$nunit"|bc -ls` >> e-v.dat
   done
   ;;
  esac
done

1.png