| 查看: 788 | 回复: 2 | ||
chenxiaoqian新虫 (小有名气)
|
[求助]
计算热膨胀系数提交不上去
|
|
我在用qha的方法计算热膨胀系数，用的是学校的集群，用./script-qha.sh -r提交可是作业提交不上去，提交后显示取消。 script-qha.sh文件内容为： [chenq@su01 qha-test]$ cat script-qha.sh #!/bin/bash dim="1 1 1" pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0" mp="3 3 3" nunit=32 while getopts ':mrc' opt; do case $opt in m) for i in `/bin/ls QHAPOSCAR*`;do qhaname=`echo $i|sed s/POSCAR//` mkdir $qhaname mv $i $qhaname/POSCAR cd $qhaname pwd phonopy -d --dim="$dim" for j in `/bin/ls POSCAR-*`;do dispname=`echo $j|sed s/POSCAR/disp/` mkdir $dispname mv $j $dispname/POSCAR cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} $dispname done mkdir perfect cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} perfect cp SPOSCAR perfect/POSCAR cd .. done ;; r) for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do cd $i pwd vol=`echo $i|sed s/QHA-//` # For displacements for j in `/bin/ls -d disp-*`;do cd $j pwd num=`echo $j|sed s/disp-//` sed s/num/$num/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|qsub cd .. done # For perfect cd perfect sed s/num/per/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|qsub cd .. cd .. done ;; c) echo "# cell volume energy of cell other than phonon" > e-v.dat for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do cd $i phonopy -f disp-*/vasprun.xml phonopy --mp="$mp" -t --dim="$dim" --pa="$pa" --tmax=2004 --tstep=2 volume=`grep volume perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'` energy=`grep e_wo_entrp perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'` cd .. echo `echo "$volume/$nunit"|bc -ls` `echo "$energy/$nunit"|bc -ls` >> e-v.dat done ;; esac done  1.png  2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
梦想
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有15人回复
-
科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题
已经有14人回复
-
要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够
已经有17人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有10人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有5人回复
-
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
chenxiaoqian
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 659.4
- 帖子: 152
- 在线: 76.5小时
- 虫号: 2952102
- 注册: 2014-01-31
- 专业: 原子和分子物理
2楼2017-09-21 21:45:58
3楼2017-10-10 23:37:56
30