| 查看: 7583 | 回复: 24 | ||||||||
[交流]
侯老师脚本测试K点、截断能详解，适合零基础！ 已有8人参与
|
||||||||
|
学vasp的童鞋估计都知道侯老师，很多童鞋对他教程里面的脚本也略有耳闻，估计也有不少被这些脚本绊住脚，当然也包括我。今天正好有时间，在这里跟大家聊聊侯老师的脚本。这里以K点的测试脚本为例。 1：脚本说明 脚本就像是一句话，把话传给服务器，然后服务器就照着话做，在这里用脚本的目的无非就是省时省力，对于机械的重复性动作，让脚本会省力一下。但是别担心，即使自己对脚本一窍不通，一个个算就可以了，无非多费点劲而已。 2：文件准备 我们都知道提交VASP作业需要四个基本文件，INCAR、KPOINTS、POSTAR、POTCAR，这里我们讲测试K点，也就是KPOINTS里面的内容。所以这时建立脚本文件rvasp.pbs.sh，提交作业时准备这个文件和其它三个，而KPOINTS文件就不必要了。 3：rvasp.pbs.sh脚本内容 这个脚本两个作用，一是充当KPOINTS文件，二是完成提交作业的任务。具体内容如下。 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 1 2 3 do cat>KPOINTS<<! Si- 0 Monkhorst-pack $i $i $i 0.0 0.0 0.0 ! echo "k mesh = $i x $i x $i" time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` echo $i $KP $E >>comment done 下面是脚本说明： #!/bin/sh 说明命令类型，使用的shell是bash rm WAVECAR 删掉波函数，如果INCAR中设置ISTART=0，即重新开始弛豫，这一行需要删除。 for i in 1 2 3 for……do……done是循环的整套命令 i是变量 do cat>KPOINTS<<! 生成KPOINTS文件，而文件的内容为两个！之间的内容 Si- 从此行到下面！号前，是KPOINTS内容，不再详述 0 Monkhorst-pack $i $i $i $i读入i的数值，也就是从1再2再3 0.0 0.0 0.0 ! 与上一个！相应 echo "k mesh = $i x $i x $i" 屏幕上打印引号内的内容 time vasp 运行vas，并在程序跑完后打印时间 E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` 提取OUTCAR中含有TOTEN的行且最后一行赋值为E awk后是一些输出格式 KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` 提取OUTCAR中含有irreducible的行且最后一行赋值为KP echo $i $KP $E >>comment 将两个变量输出到comment文件 done 与for do done 配套 4.提交作业 做好INCAR、POSTAR、POTCAR，再加上上面的脚本rvasp.pbs.sh，然后提交脚本即可。 5.特别说明 1：如果作业错误，并显示找不到WAVECAR，那就把rm WAVECAR这一行删除。 2：作业错误，先检查脚本有没有问题，没有问题，注意time vasp 这一行，这个提交作业的命令可能对你的服务器不适用，那你用自己提交作业的命令替换掉这个。 3：2不成功的情况下，如果你本来有提交作业的脚本，找到mpirun这一行（这一行的作用是提交作业），将上面rvasp的所有内容粘贴到这一行的后面，然后剪切mpirun这一行进而替换掉time vasp。再正常提交脚本即可。 完毕。 本教程综合很多前辈的方法，基本是一个整合，感谢他们！对于本教程有错误的地方，请批评指正！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理计算-tg | 量化软件 | 第一原理 | 计算化学 |
| 科研 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
307求调剂
已经有9人回复
-
288求调剂
已经有15人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有5人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有14人回复
-
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有18人回复
-
265求调剂
已经有3人回复
-
296求调剂
已经有6人回复
-
0703化学调剂
已经有13人回复
-
085600材料与化工 求调剂
已经有15人回复
-
生物学调剂招人！！！
已经有4人回复
maoxinxina
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 226.9
- 散金: 11
- 帖子: 214
- 在线: 172.8小时
- 虫号: 2495364
- 注册: 2013-06-04
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
4楼2016-10-09 09:32:53
 本帖仅楼主可见 |
2楼2016-09-05 21:51:44
送红花一朵 |
本帖仅楼主可见 |
3楼2016-09-05 21:52:17
5楼2016-10-09 19:46:29
tsglss
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 6014.2
- 红花: 19
- 帖子: 1875
- 在线: 940小时
- 虫号: 321641
- 注册: 2007-03-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2016-10-09 22:25:50
chally123
铁虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3953.2
- 沙发: 1
- 帖子: 2620
- 在线: 89.4小时
- 虫号: 3240818
- 注册: 2014-05-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
7楼2016-10-10 00:12:38
maoxinxina
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 226.9
- 散金: 11
- 帖子: 214
- 在线: 172.8小时
- 虫号: 2495364
- 注册: 2013-06-04
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
哥：这是我的东西 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done 然后我把这个放在根目录下~/bin 执行chmode +x run_ecut.sh 然后放在我的文件夹下执行 提示错误如下： [lyj@cluster si]$ run_ecut.sh rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory /home/lyj/bin/run_ecut.sh: line 16: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!') /home/lyj/bin/run_ecut.sh: line 17: syntax error: unexpected end of file 想知道怎么弄才能消除这些错误 |
8楼2016-10-10 10:23:14
9楼2016-10-10 10:29:56
maoxinxina
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 226.9
- 散金: 11
- 帖子: 214
- 在线: 172.8小时
- 虫号: 2495364
- 注册: 2013-06-04
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
10楼2016-10-10 10:32:08
