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侯老师脚本测试K点、截断能详解，适合零基础！ 已有8人参与
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学vasp的童鞋估计都知道侯老师，很多童鞋对他教程里面的脚本也略有耳闻，估计也有不少被这些脚本绊住脚，当然也包括我。今天正好有时间，在这里跟大家聊聊侯老师的脚本。这里以K点的测试脚本为例。 1：脚本说明 脚本就像是一句话，把话传给服务器，然后服务器就照着话做，在这里用脚本的目的无非就是省时省力，对于机械的重复性动作，让脚本会省力一下。但是别担心，即使自己对脚本一窍不通，一个个算就可以了，无非多费点劲而已。 2：文件准备 我们都知道提交VASP作业需要四个基本文件，INCAR、KPOINTS、POSTAR、POTCAR，这里我们讲测试K点，也就是KPOINTS里面的内容。所以这时建立脚本文件rvasp.pbs.sh，提交作业时准备这个文件和其它三个，而KPOINTS文件就不必要了。 3：rvasp.pbs.sh脚本内容 这个脚本两个作用，一是充当KPOINTS文件，二是完成提交作业的任务。具体内容如下。 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 1 2 3 do cat>KPOINTS<<! Si- 0 Monkhorst-pack $i $i $i 0.0 0.0 0.0 ! echo "k mesh = $i x $i x $i" time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` echo $i $KP $E >>comment done 下面是脚本说明： #!/bin/sh 说明命令类型，使用的shell是bash rm WAVECAR 删掉波函数，如果INCAR中设置ISTART=0，即重新开始弛豫，这一行需要删除。 for i in 1 2 3 for……do……done是循环的整套命令 i是变量 do cat>KPOINTS<<! 生成KPOINTS文件，而文件的内容为两个！之间的内容 Si- 从此行到下面！号前，是KPOINTS内容，不再详述 0 Monkhorst-pack $i $i $i $i读入i的数值，也就是从1再2再3 0.0 0.0 0.0 ! 与上一个！相应 echo "k mesh = $i x $i x $i" 屏幕上打印引号内的内容 time vasp 运行vas，并在程序跑完后打印时间 E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` 提取OUTCAR中含有TOTEN的行且最后一行赋值为E awk后是一些输出格式 KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` 提取OUTCAR中含有irreducible的行且最后一行赋值为KP echo $i $KP $E >>comment 将两个变量输出到comment文件 done 与for do done 配套 4.提交作业 做好INCAR、POSTAR、POTCAR，再加上上面的脚本rvasp.pbs.sh，然后提交脚本即可。 5.特别说明 1：如果作业错误，并显示找不到WAVECAR，那就把rm WAVECAR这一行删除。 2：作业错误，先检查脚本有没有问题，没有问题，注意time vasp 这一行，这个提交作业的命令可能对你的服务器不适用，那你用自己提交作业的命令替换掉这个。 3：2不成功的情况下，如果你本来有提交作业的脚本，找到mpirun这一行（这一行的作用是提交作业），将上面rvasp的所有内容粘贴到这一行的后面，然后剪切mpirun这一行进而替换掉time vasp。再正常提交脚本即可。 完毕。 本教程综合很多前辈的方法，基本是一个整合，感谢他们！对于本教程有错误的地方，请批评指正！ |
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哥：这是我的东西 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done 然后我把这个放在根目录下~/bin 执行chmode +x run_ecut.sh 然后放在我的文件夹下执行 提示错误如下： [lyj@cluster si]$ run_ecut.sh rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory /home/lyj/bin/run_ecut.sh: line 16: warning: here-document at line 5 delimited by end-of-file (wanted `!') /home/lyj/bin/run_ecut.sh: line 17: syntax error: unexpected end of file 想知道怎么弄才能消除这些错误 |
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