应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？
41/1返回列表
查看: 1969  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jugengfans

金虫 (正式写手)

[求助] 请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？ 已有1人参与

各位虫友，
vasp计算前，必须先测试ENCUT和K点的数量是否能使能量收敛，
在单机上运行，仿照侯柱峰老师的教程，写个linux脚本就可以

但是在大型机上，使用的是qsub提交任务啊！
脚本里面是这样的！
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err

mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi

而侯老师的那个脚本是针对单机的，请问各位，如果在大型机上运行，在pbs脚本里面应该怎么改？


#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-18 21:46:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jugengfans: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 不好意思啊 刚看到 非常感谢！ 2015-08-22 15:12:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-05 18:28:57
直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ;
mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
赞一下 回复此楼
凝聚态理论与计算物理
2楼2015-05-18 22:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackjiejl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wmy8802217 at 2015-05-18 22:31:52
直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err
rm WAVECAR
for ...

您好，请问您的关于如何使用encut测试脚本的问题解决了么？ 我是刚学vasp ，不知道如何是用encut 和k点测试脚本，vasp是安装在超算上的，是那边工作人员安装的，我自己不清楚其中的过程，希望您能分享一下encut 和k点测试脚本在服务器上使用的操作流程，谢谢
赞一下 回复此楼
加油
3楼2015-09-02 15:34:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gowoaini131

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackjiejl at 2015-09-02 15:34:48
您好，请问您的关于如何使用encut测试脚本的问题解决了么？ 我是刚学vasp ，不知道如何是用encut 和k点测试脚本，vasp是安装在超算上的，是那边工作人员安装的，我自己不清楚其中的过程，希望您能分享一下encut 和 ...

你好，请问问题解决了吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-09 00:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jugengfans 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭