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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？
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jugengfans

金虫 (正式写手)

[求助] 请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？已有1人参与

各位虫友，
vasp计算前，必须先测试ENCUT和K点的数量是否能使能量收敛，
在单机上运行，仿照侯柱峰老师的教程，写个linux脚本就可以

但是在大型机上，使用的是qsub提交任务啊！
脚本里面是这样的！
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err

mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi

而侯老师的那个脚本是针对单机的，请问各位，如果在大型机上运行，在pbs脚本里面应该怎么改？


#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
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1楼2015-05-18 21:46:50
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wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jugengfans: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 不好意思啊 刚看到 非常感谢！ 2015-08-22 15:12:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-05 18:28:57
直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ;
mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done
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凝聚态理论与计算物理
2楼2015-05-18 22:31:52
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jackjiejl

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wmy8802217 at 2015-05-18 22:31:52
直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑
#!/bin/bash

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N hello
#PBS -l nodes=2:ppn=12
#PBS -l jobtype=parallel
##PBS -o hello.out
##PBS -e hello.err
rm WAVECAR
for ...

您好，请问您的关于如何使用encut测试脚本的问题解决了么？ 我是刚学vasp ，不知道如何是用encut 和k点测试脚本，vasp是安装在超算上的，是那边工作人员安装的，我自己不清楚其中的过程，希望您能分享一下encut 和k点测试脚本在服务器上使用的操作流程，谢谢
赞一下 回复此楼
加油
3楼2015-09-02 15:34:48
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gowoaini131

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackjiejl at 2015-09-02 15:34:48
您好，请问您的关于如何使用encut测试脚本的问题解决了么？ 我是刚学vasp ，不知道如何是用encut 和k点测试脚本，vasp是安装在超算上的，是那边工作人员安装的，我自己不清楚其中的过程，希望您能分享一下encut 和 ...

你好，请问问题解决了吗？

发自小木虫Android客户端
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4楼2016-01-09 00:10:51
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