| 查看: 2047 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
jugengfans金虫 (正式写手)
|
[求助]
请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？ 已有1人参与
|
|
|
各位虫友， vasp计算前，必须先测试ENCUT和K点的数量是否能使能量收敛， 在单机上运行，仿照侯柱峰老师的教程，写个linux脚本就可以 但是在大型机上，使用的是qsub提交任务啊！ 脚本里面是这样的！ #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi 而侯老师的那个脚本是针对单机的，请问各位，如果在大型机上运行，在pbs脚本里面应该怎么改？ #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
回复此楼» 猜你喜欢
材料工程085601，270求调剂
已经有25人回复
-
297求调剂
已经有18人回复
-
材料工程调剂
已经有11人回复
-
288求调剂
已经有15人回复
-
291求调剂
已经有4人回复
-
283电子信息求调剂
已经有4人回复
-
085801 总分275 本科新能源 求调剂
已经有7人回复
-
0860004 求调剂 309分
已经有6人回复
-
化学工程调剂289
已经有33人回复
-
08工科求调剂290分
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 虚拟机下的linux安装VASP可行么？
已经有6人回复
- 在VASP中的脚本
已经有4人回复
- vasp5.2 修改Makefile
已经有6人回复
- 推荐几个vasp处理计算结果的python脚本
已经有66人回复
- 请问单机装VASP，装并行好还是串行好？
已经有15人回复
- 作业管理系统Torque 2.4.16在Linuxmint 13 / Ubuntu12.04工作站/单机上的安装和使用
已经有9人回复
- 关于VASP计算收敛的判断
已经有25人回复
- 在计算NEB时如何使用nebmake.pl脚本
已经有5人回复
- 请问两块不同材料的板材结合起来的板材的力学性能怎么算?
已经有9人回复
- 相同的vasp版本，不同机器上计算同一个体系，能量相差近10ev
已经有17人回复
- Linux集群rocks的安装和SGE管理调度MS5.5作业
已经有16人回复
- 求助vasp编译好后无法运行问题？？
已经有24人回复
- vasp测试SIGMA
已经有12人回复
- 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
已经有19人回复
- 关于VASP一些琐事的求助（K点，吸附优化等）
已经有12人回复
- 【求助成功】vasp测试K点收敛性的脚本问题
已经有20人回复
- 【求助】菜鸟问有关VASP作业提交的问题！
已经有21人回复
jackjiejl
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2490
- 散金: 127
- 帖子: 128
- 在线: 310小时
- 虫号: 2719699
- 注册: 2013-10-12
- 性别: GG
- 专业: 催化化学
3楼2015-09-02 15:34:48
wmy8802217
木虫 (正式写手)
- 应助: 89 (初中生)
- 金币: 2877
- 红花: 12
- 帖子: 350
- 在线: 461.9小时
- 虫号: 2935682
- 注册: 2014-01-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jugengfans: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 不好意思啊 刚看到 非常感谢！ 2015-08-22 15:12:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-05 18:28:57
感谢参与，应助指数 +1
jugengfans: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 不好意思啊 刚看到 非常感谢！ 2015-08-22 15:12:42
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-09-05 18:28:57
|
直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑 #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
2楼2015-05-18 22:31:52
gowoaini131
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3761.8
- 帖子: 54
- 在线: 115.5小时
- 虫号: 4193597
- 注册: 2015-11-03
- 专业: 样品前处理方法与技术
4楼2016-01-09 00:10:51
