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jugengfans金虫 (正式写手)
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请问如何在大型机上提交vasp的测试脚本？ 已有1人参与
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各位虫友， vasp计算前，必须先测试ENCUT和K点的数量是否能使能量收敛， 在单机上运行，仿照侯柱峰老师的教程，写个linux脚本就可以 但是在大型机上，使用的是qsub提交任务啊！ 脚本里面是这样的！ #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi 而侯老师的那个脚本是针对单机的，请问各位，如果在大型机上运行，在pbs脚本里面应该怎么改？ #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
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直接把PBS文件当。sh文件就好，直接在上面编辑 #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -N hello #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l jobtype=parallel ##PBS -o hello.out ##PBS -e hello.err rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; mpirun -np 24 /nuist/u/home/huangx/VASP/vaspmpi E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done |
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