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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP计算E-V曲线脚本求助
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木冰天化

新虫 (正式写手)

[求助] VASP计算E-V曲线脚本求助 已有1人参与

我用深圳超算，其脚本如下，我想在计算E-V曲线，在此脚本中加入for循环，请问该如何添加，添加部分如下所示，尝试过添加，但是最后OUTCAR中只有a=2.8时的结果 ，请问各位大神，此脚本该这么书写？感谢感谢
1，脚本
VASP=/home-yg/Soft/Vasp5.4/vasp_std

source  /home-yg/env/intel-12.1.sh
source  /home-yg/env/openmpi-1.6.5-intel.sh

cd $CURDIR

#start creating .nodelist
rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
    echo "$i" >> $CURDIR/nodelist
done
nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')

#
#
echo -n "start time  " > time
date >> time
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP  &> output
echo -n "end   time  " >> time ; date >> time
cat time >> output
#
#
cd ..
done

exit
2.循环：for a in 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8
do
rm WAVECAR
cat > POSCAR <<!
hcp-Co
$a
1   0   0
-0.5 0.86602540378444  0
0   0   1.628
2
Direct
0.0 0.0 0.0
0.33333333 0.66666667 0.5
!
echo a=$a
E=$(grep "energy without entropy" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}')
V=$(grep "volume" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}')
echo $E $V >> E-V.txt
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1楼 2019-04-17 23:22:33
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
木冰天化(漫天飘雪代发): 金币+20, 谢谢交流 2019-04-18 08:21:27
首先，第二个循环最后少了"done"。

其次，你写了两个循环，前一个循环，好像你的目的是想在每个node上都run一个vasp计算。
你应该把第一去掉。只用第二个，把vasp运行作业的命令放到第二个循环里适当的位置上。
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2楼2019-04-18 08:20:51
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木冰天化

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2019-04-18 08:20:51
首先，第二个循环最后少了&quot;done&quot;。

其次，你写了两个循环，前一个循环，好像你的目的是想在每个node上都run一个vasp计算。
你应该把第一去掉。只用第二个，把vasp运行作业的命令放到第二个循 ...

感谢感谢，已经修改好，能用了

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赞一下 回复此楼
3楼2019-04-18 14:17:01
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