24小时热门版块排行榜    

查看: 1660  |  回复: 2

木冰天化

新虫 (正式写手)

[求助] VASP计算E-V曲线脚本求助 已有1人参与

我用深圳超算,其脚本如下,我想在计算E-V曲线,在此脚本中加入for循环,请问该如何添加,添加部分如下所示,尝试过添加,但是最后OUTCAR中只有a=2.8时的结果 ,请问各位大神,此脚本该这么书写?感谢感谢
1,脚本
VASP=/home-yg/Soft/Vasp5.4/vasp_std

source  /home-yg/env/intel-12.1.sh
source  /home-yg/env/openmpi-1.6.5-intel.sh

cd $CURDIR

#start creating .nodelist
rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
    echo "$i" >> $CURDIR/nodelist
done
nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')

#
#
echo -n "start time  " > time
date >> time
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP  &> output
echo -n "end   time  " >> time ; date >> time
cat time >> output
#
#
cd ..
done

exit
2.循环:for a in 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8
do
rm WAVECAR
cat > POSCAR <<!
hcp-Co
$a
1   0   0
-0.5 0.86602540378444  0
0   0   1.628
2
Direct
0.0 0.0 0.0
0.33333333 0.66666667 0.5
!
echo a=$a
E=$(grep "energy without entropy" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}')
V=$(grep "volume" OUTCAR |tail -1| awk '{printf "%14.8f \n", $5}')
echo $E $V >> E-V.txt
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
木冰天化(漫天飘雪代发): 金币+20, 谢谢交流 2019-04-18 08:21:27
首先,第二个循环最后少了"done"。

其次,你写了两个循环,前一个循环,好像你的目的是想在每个node上都run一个vasp计算。
你应该把第一去掉。只用第二个,把vasp运行作业的命令放到第二个循环里适当的位置上。
2楼2019-04-18 08:20:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木冰天化

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2019-04-18 08:20:51
首先,第二个循环最后少了&quot;done&quot;。

其次,你写了两个循环,前一个循环,好像你的目的是想在每个node上都run一个vasp计算。
你应该把第一去掉。只用第二个,把vasp运行作业的命令放到第二个循 ...

感谢感谢,已经修改好,能用了

发自小木虫Android客户端
3楼2019-04-18 14:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 木冰天化 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 朋友圈看到的 +5 wangzilk 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:05 by luw152
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 113/5650 2026-08-19 07:58 by 医学老男孩
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
信息提示
请填处理意见