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liuchenhan新虫 (小有名气)
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linux集群使用问题 已有1人参与
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本人需要指定输出能量到comment文件，所用计算资源为北京超级计算中心 intel处理器。 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ./vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }’` ### 第15行 echo $i $E >>comment ### 第16行 done 错误如下： ./do: command substitution: line 15: unexpected EOF while looking for matching `'' ./do: command substitution: line 16: syntax error: unexpected end of file 还有输出的总能量是系统的总能量绝对值吗？就是有没有减去POTCAR中EATOM，E如果减去了，那么若系统中有2个原子，那就减去了2*EATOM？ |
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liuchenhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-17 08:45:02
liuchenhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-17 08:45:02
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第15行引号有问题，可能是反引号和引号，中文引号和英文的关系。你这里不是编辑器，不能显示颜色，我只能告诉你是$5后面两个引号的问题。修改如下： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ./vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done 你粘贴过去试试。 另外，我建议你改脚本为grep “energy without entropy”而不是grep “TOTEN” |
2楼2014-12-16 18:01:14
