24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4617)
>虫友互识 (537)
>文献求助 (439)
>休闲灌水 (401)
>导师招生 (399)
>考博 (136)
>硕博家园 (133)
>博后之家 (104)
>基金申请 (101)
>招聘信息布告栏 (100)
>论文投稿 (95)
>考研 (88)
>教师之家 (65)
>找工作 (50)
>公派出国 (48)
>绿色求助(高悬赏) (46)

返回列表

liuchenhan

新虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1536.5
散金: 4
帖子: 170
在线: 108小时
虫号: 1508714
注册: 2011-11-25
专业: 传热传质学

[求助] linux集群使用问题已有1人参与

本人需要指定输出能量到comment文件，所用计算资源为北京超级计算中心 intel处理器。
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }’` ### 第15行
echo $i $E >>comment ### 第16行
done

错误如下：
./do: command substitution: line 15: unexpected EOF while looking for matching `''
./do: command substitution: line 16: syntax error: unexpected end of file

还有输出的总能量是系统的总能量绝对值吗？就是有没有减去POTCAR中EATOM，E如果减去了，那么若系统中有2个原子，那就减去了2*EATOM？

回复此楼

» 猜你喜欢

拟解决的关键科学问题还要不要写已经有11人回复
救命帖已经有5人回复
限项规定已经有5人回复
为什么nbs上溴没有产物点出现呢已经有9人回复
招博士已经有3人回复
存款400万可以在学校里躺平吗已经有35人回复
最失望的一年已经有18人回复
求推荐博导已经有4人回复
求推荐英文EI期刊已经有5人回复
疑惑？已经有5人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

1楼 2014-12-13 10:50:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

1ST强帖: 2
应助: 622 (博士)
金币: 6519.3
散金: 1221
红花: 111
帖子: 1345
在线: 517.7小时
虫号: 1730773
注册: 2012-04-01
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
liuchenhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-17 08:45:02

第15行引号有问题，可能是反引号和引号，中文引号和英文的关系。你这里不是编辑器，不能显示颜色，我只能告诉你是$5后面两个引号的问题。修改如下：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done

你粘贴过去试试。
另外，我建议你改脚本为grep “energy without entropy”而不是grep “TOTEN”

赞一下