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liuchenhan

新虫 (小有名气)

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散金: 4
帖子: 170
在线: 108小时
虫号: 1508714
注册: 2011-11-25
专业: 传热传质学

[求助] linux集群使用问题已有1人参与

本人需要指定输出能量到comment文件，所用计算资源为北京超级计算中心 intel处理器。
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }’` ### 第15行
echo $i $E >>comment ### 第16行
done

错误如下：
./do: command substitution: line 15: unexpected EOF while looking for matching `''
./do: command substitution: line 16: syntax error: unexpected end of file

还有输出的总能量是系统的总能量绝对值吗？就是有没有减去POTCAR中EATOM，E如果减去了，那么若系统中有2个原子，那就减去了2*EATOM？

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1楼 2014-12-13 10:50:57

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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

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在线: 517.7小时
虫号: 1730773
注册: 2012-04-01
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
liuchenhan: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-12-17 08:45:02

第15行引号有问题，可能是反引号和引号，中文引号和英文的关系。你这里不是编辑器，不能显示颜色，我只能告诉你是$5后面两个引号的问题。修改如下：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done

你粘贴过去试试。
另外，我建议你改脚本为grep “energy without entropy”而不是grep “TOTEN”

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