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蕨类森林

新虫 (小有名气)

[求助] 利用高保真酶克隆基因没有加尾怎么办 已有5人参与

刚开始做基因克隆,利用的高保真酶(takara Prime STAR),pcr完后直接切胶纯化后连接了,到最后发现效率特别低才听说要加尾,可现在的回收产物该如何利用呢?
目前,问了人总结出三种:一是以回收产物为模板,用rtaq酶加尾,但回收产物用量得14.5,做过一次可能跟产物浓度有关,成功率50%,二是以回收产物为模板,继续用STAR酶,用量几微升就可以,然后再用rtaq延伸,三是几微升的用量,直接用rtaq酶跑pcr。
我实在是拿不准该怎么办,求大神指点迷津!(产物浓度大部分6左右,4、5个30左右,还有一些只有2、3)如果可以,提供个参考体系最感激不过!●﹏●

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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:28:38
为了效率,你可以直接买平末端链接的载体。Transgene就有。
2楼2016-02-21 18:34:24
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Ljch1121

新虫 (初入文坛)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:29:24
PCR结束后,往反应体系中加入rtaq和buffer,72度充分延伸半个小时就行

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3楼2016-02-21 19:42:16
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2016-02-22 22:38:31
1、你问人的3种答案,只有1比较靠谱,其他两种都别试,2和3那是增加突变概率。我试过PCR产物切胶回收后,再用普通的taq在buf和dNTP里72度30min,然后再回收,再连普通的T。这个办法看人品的,人品好的时候杠杠滴,人品差的时候就完蛋了。。并且两次回收,浓度会低。。。

2、由于后来我rp一直不好,就换了Thermo家的平末端连接试剂盒,发现虽然效率不太高,但是每次都有那么10来个菌,阳性率蛮高的。。也就是说,只要你不是建库,就可以用这个办法,省时省钱省力(由于自己也要用,我做了大量的平端载体,需要的话站短我吧!自连自杀型哦,只有连进去插入片段的才能活下来)。

3、使用无缝克隆试剂盒,直接把平端PCR产物克隆至目的载体上就完事。。这个最快,但是引物要重新设计。

如果是小白的话,推荐第二种,先从廉价简单的来尝试,这样经验值会up。。以后解决问题的能力也跟着up了,再逐渐慢慢玩高级货。。

加油!!
5楼2016-02-22 00:42:55
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匿名

用户注销 (正式写手)

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6楼2016-02-22 09:11:42
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jackyoung

新虫 (正式写手)

二楼的平端克隆很靠谱,如果非要T-载体,可以直接拿回收产物加Taq和dNTPs 72度20分钟,不用回收直接连接。我们一般都是在PS酶括增体系的最后加入Taq,在72度孵育10分钟,然后切胶回收连接。

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CestLaVie
11楼2016-02-22 23:46:00
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水杯小一

金虫 (小有名气)

引用回帖:
20楼: Originally posted by 蕨类森林 at 2016-03-08 16:05:05
嗯  我有进行反向互补,但没有去载体,我看到你这么说就去搜了下怎么去载体,比较易懂的好像就在NCBI上进行,但我们这儿网速慢,又感觉比得上的就比得上,没去也行,但比不上的颠来倒去的都比不上呢~~所以就没去, ...

VecScreen: Screen for Vector Contamination
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/vecscreen/  还是去下载体再比对,这样容易看出问题。去载体如果没找到你的序列的话,实验要重新开始。如果是部分转入的话,还可以拿以前的菌再P一下,试试运气。
21楼2016-03-08 17:11:29
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Ljch1121

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
3楼: Originally posted by Ljch1121 at 2016-02-21 19:42:16
PCR结束后,往反应体系中加入rtaq和buffer,72度充分延伸半个小时就行

加入少量rtaq,或者PCR回收产物按rtaq酶的反应体系延伸半小时

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4楼2016-02-21 19:47:56
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蕨类森林

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by kangaroo0513 at 2016-02-22 00:42:55
1、你问人的3种答案,只有1比较靠谱,其他两种都别试,2和3那是增加突变概率。我试过PCR产物切胶回收后,再用普通的taq在buf和dNTP里72度30min,然后再回收,再连普通的T。这个办法看人品的,人品好的时候杠杠滴,人 ...

谢谢,因为我刚开始做,不好意思就买其他试剂,我就用1这个方法加了A,准备连接,用的takara PMD-18-T,solution I ,我看说明书16℃半个小时就可以,实验室一般是16℃ 3-4h,还有16℃过夜,4℃过夜的,哪种效率比较高一点啊?
还有,我蓝白斑筛选总是只长白斑,没看到蓝斑,这是怎么回事呢?很多假阳性的,怎么筛选才能让阳性率高些呢?
8楼2016-02-22 22:14:34
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kangaroo0513

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 蕨类森林 at 2016-02-22 22:14:34
谢谢,因为我刚开始做,不好意思就买其他试剂,我就用1这个方法加了A,准备连接,用的takara PMD-18-T,solution I ,我看说明书16℃半个小时就可以,实验室一般是16℃ 3-4h,还有16℃过夜,4℃过夜的,哪种效率比 ...

solution1的话,4度过夜。我之前也在用。我从来不用蓝白斑,所以不知道蓝白斑的事情,我都是菌液PCR或者抽质粒酶切鉴定的。
9楼2016-02-22 22:58:29
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mr.clutch

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 蕨类森林 at 2016-02-22 22:14:34
谢谢,因为我刚开始做,不好意思就买其他试剂,我就用1这个方法加了A,准备连接,用的takara PMD-18-T,solution I ,我看说明书16℃半个小时就可以,实验室一般是16℃ 3-4h,还有16℃过夜,4℃过夜的,哪种效率比 ...

好像都到PMD-20-T了吧?至少用19会比18好吧

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10楼2016-02-22 23:18:04
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sunlk

铜虫 (正式写手)

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感谢参与,应助指数 +1
如果是做克隆的话,没必要操作这一步啊,直接用限制性内切酶切 直接连想要的载体。
很给力
13楼2016-02-23 08:22:04
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水杯小一

金虫 (小有名气)

直接在反应完的原体系里加2ul的rTaq,72℃反应5-10min,妥妥的
14楼2016-02-24 16:16:38
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匿名

用户注销 (著名写手)

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18楼2016-03-04 21:35:58
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水杯小一

金虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 蕨类森林 at 2016-03-04 19:03:41
嗯,我是切完胶了才发现没有加尾,所以用切胶产物加尾再连接的,测序结果回来后发现有接近一半明明菌落PCR条带大小差不多是对的,但序列却比对不上,这是什么原因呢?...

测序结果去载体后反向互补得到的序列有没有比对
19楼2016-03-05 09:18:49
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蕨类森林

新虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by Ljch1121 at 2016-02-21 19:47:56
加入少量rtaq,或者PCR回收产物按rtaq酶的反应体系延伸半小时
...

谢谢
7楼2016-02-22 22:10:53
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