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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 用基因组DNA当模版为何扩增出CDS
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weiweitt

铁虫 (初入文坛)

[求助] 用基因组DNA当模版为何扩增出CDS 已有3人参与

1.目的条带包含2个外显子加1个内含子，全长约700bp.内含子稍大于100bp。
2.用CTAB法提取植物叶片的基因组DNA做模版
3.扩增出两条带一条700bp左右正是目的条带。另一条大小500bp多，切胶回收连载体测序后发现正好是两个外显子相加没用内含子的部分，
也就是说，我用基因组DNA扩增出了CDS，请问会有什么样的可能来解释这一现象？
PS：怀疑我的DNA可能有RNA的污染，我于是将DNA用RNA酶消化了一个小时，结果仍是上述结果。

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1楼 2016-02-19 00:08:34
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weiweitt

铁虫 (初入文坛)
这个帖子会有人看见么？第一次发
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2楼2016-02-19 11:17:04
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by weiweitt at 2016-02-19 11:17:04
这个帖子会有人看见么？第一次发

已经被看了20次……
但是真的不知道什么原因，按理来讲，就算有RNA污染也不会出现不含内含子的CDS片段，因为PCR酶是要以DNA为模板才能进行扩增的，RNA是不行的，难道是样品里面的RNA已经被逆转录了……好神奇~
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3楼2016-02-19 12:54:28
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adamhe

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
搞笑，只有DNA酶没用
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4楼2016-02-19 16:38:42
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qing_eve

金虫 (正式写手)
跨内含子设计两对引物，所得产物在进行全长PCR
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5楼2016-02-20 15:11:52
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redking2012

木虫 (正式写手)
测序呗

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6楼2016-02-20 19:43:21
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jackyoung

新虫 (正式写手)
只能一笑而过，RNA能用DNA POL扩也是神了。要是实验室里的什么东西污染了就很正常不过了。还有，万一要是个转基因的呢？

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CestLaVie
7楼2016-02-21 00:14:41
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weiweitt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qing_eve at 2016-02-20 15:11:52
跨内含子设计两对引物，所得产物在进行全长PCR

我的引物就是跨着内含子，扩出来的东西就应该是外+内+外 这样一段东西，结果我扩增出了两条带，把这两条带都回收测序了，一条就是预期的外+内+外，另一条是外+外，中间100多bp的内含子没有了。所以我不明白多出来的这条带是怎么回事，实验做过好几次了，DNA都重提好几次了，哦 引物我也换过一次更长一点的也这样
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8楼2016-02-23 15:28:31
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weiweitt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by adamhe at 2016-02-19 16:38:42
搞笑，只有DNA酶没用

实在想不明白为啥能扩出来CDS才来向大家求教的，见笑了
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9楼2016-02-23 15:30:05
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weiweitt

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by weiweitt at 2016-02-23 15:28:31
我的引物就是跨着内含子，扩出来的东西就应该是外+内+外 这样一段东西，结果我扩增出了两条带，把这两条带都回收测序了，一条就是预期的外+内+外，另一条是外+外，中间100多bp的内含子没有了。所以我不明白多出来的 ...

哦不好意思，没太看懂您的建议，能说的仔细些吗
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10楼2016-02-23 15:31:16
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