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upgo123

金虫 (小有名气)

[求助] BSP 甲基化引物设计 已有1人参与

我BSP检测基因甲基化,但序列中CG太多,无法避开。
所以引物中含有兼并碱基。上游引物中有个Y,下游有个R.
通过Methyl primer Express设计,我想自己把引物长度修改下,但Methyl primer Express无法编辑,我用过Primer 5.0 编辑,但引物中如果有Y,R的话,Primer 5.0却不显示退火温度。
请各位帮忙!不甚感激。@biostar2009
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by upgo123 at 2016-02-19 11:27:46
那 甲基化引物 的质量评价标准或原则是什么呢?比如不可有引物二聚体、不可有引物自联等,但甲基化引物肯定避免不了自联啊。该怎么处理?直接忽略?还是其他?
另外,引物中应不应该有GC夹?多少合适呢?
谢谢!...

我这里是做实验服务的,你在上海吗?
YNWA!
4楼2016-02-19 13:08:36
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物设计我可以帮你设计,但后面的甲基化检测实验也要交给我去做才行。关于BSP法检测甲基化,需要你提供基因序列,最好是登录号,我这里的软件可以帮你分析CpG岛,并设计引物合成序列等。
YNWA!
2楼2016-02-19 09:00:01
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upgo123

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by KOP利 at 2016-02-19 09:00:01
引物设计我可以帮你设计,但后面的甲基化检测实验也要交给我去做才行。关于BSP法检测甲基化,需要你提供基因序列,最好是登录号,我这里的软件可以帮你分析CpG岛,并设计引物合成序列等。

那 甲基化引物 的质量评价标准或原则是什么呢?比如不可有引物二聚体、不可有引物自联等,但甲基化引物肯定避免不了自联啊。该怎么处理?直接忽略?还是其他?
另外,引物中应不应该有GC夹?多少合适呢?
谢谢!
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3楼2016-02-19 11:27:46
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