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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » BSP 甲基化引物设计
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upgo123

金虫 (小有名气)

[求助] BSP 甲基化引物设计 已有1人参与

我BSP检测基因甲基化，但序列中CG太多，无法避开。
所以引物中含有兼并碱基。上游引物中有个Y,下游有个R.
通过Methyl primer Express设计，我想自己把引物长度修改下，但Methyl primer Express无法编辑，我用过Primer 5.0 编辑，但引物中如果有Y,R的话，Primer 5.0却不显示退火温度。
请各位帮忙！不甚感激。@biostar2009
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选择，然后坚持
1楼 2016-02-18 16:01:34
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upgo123

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KOP利 at 2016-02-19 09:00:01
引物设计我可以帮你设计，但后面的甲基化检测实验也要交给我去做才行。关于BSP法检测甲基化，需要你提供基因序列，最好是登录号，我这里的软件可以帮你分析CpG岛，并设计引物合成序列等。

那 甲基化引物 的质量评价标准或原则是什么呢？比如不可有引物二聚体、不可有引物自联等，但甲基化引物肯定避免不了自联啊。该怎么处理？直接忽略？还是其他？
另外，引物中应不应该有GC夹？多少合适呢？
谢谢！
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选择，然后坚持
3楼2016-02-19 11:27:46
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物设计我可以帮你设计，但后面的甲基化检测实验也要交给我去做才行。关于BSP法检测甲基化，需要你提供基因序列，最好是登录号，我这里的软件可以帮你分析CpG岛，并设计引物合成序列等。
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YNWA！
2楼2016-02-19 09:00:01
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by upgo123 at 2016-02-19 11:27:46
那 甲基化引物 的质量评价标准或原则是什么呢？比如不可有引物二聚体、不可有引物自联等，但甲基化引物肯定避免不了自联啊。该怎么处理？直接忽略？还是其他？
另外，引物中应不应该有GC夹？多少合适呢？
谢谢！...

我这里是做实验服务的，你在上海吗？
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YNWA！
4楼2016-02-19 13:08:36
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