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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 染色体步移
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faile18

金虫 (小有名气)

[求助] 染色体步移 已有1人参与

目前在利用takara的genome walking试剂盒克隆玉米中一段启动子序列，第一次利用AP1-4的时候均得到了1.3kb的产物，设计特异引物克隆这一段，已经测序得到这一段序列。在此基础上进行第二次walking，第三轮的GSP设计在距离第一次1.3kb 5‘端140bp的位置，这次AP1,3，4得到的产物相似，AP2得到产物略小约900bp，然后设计一对引物可以检测出上面提到的140bp进行初筛，结果只有AP2中所有克隆都含有这一段，克隆、测序、BLAST比对，900bp可以比对到染色体上相应位置，并且与第一次的1.3kb可以重合。拼接后得到约2.0kb的区段，只需要对1.7kb的区段进行研究，设计引物扩增，在玉米B73中克隆到目的条带，但是未知材料里没有任何产物。请教一下各位，这是什么情况？明明两轮WALKING得到的产物可以拼接上而且在未知材料中得到的1.7kb也可以比对到染色体上相应位置，但是扩增不出来，其中的1.3kb已经得到证实，PCR体系及条件没有问题，求解。
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1楼 2016-01-22 10:22:31
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婷宝宝2013

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jingyu90217 at 2016-04-14 01:56:40
你好  我也在做染色体步移  也是takara的试剂盒  我第一次已得到1164bp

hello，我最近也在用Takara的试剂盒扩未知序列，但怎么也扩不出来。扩出来的不同片段DNA去测序与已经序列的末端比对，都比对不上。只有设计的引物那20多个bp一样，前面距离位置序列100多个bp完全不匹配，想请教请教你如何解决~
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13楼2018-05-03 14:43:40
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faile18

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2016-01-22 11:29:53
InDel

克隆用的引物是根据测序结果设计的，即使有InDel，也应该会有条带吧？
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3楼2016-01-22 12:34:44
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dushangyun

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想问问您的PCR循环的程序，跪求！
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经不住逝水流年，逃不过此间少年
4楼2016-03-14 18:40:55
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yali002

新虫 (初入文坛)
楼主 请问  你回收的第3次染色体步移产物的片段有没有要求？一定要比第2次的产物分子量小么？
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5楼2016-04-12 17:41:21
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