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那雨那女孩

新虫 (小有名气)

[求助] 有关无缝克隆的,求助!!!!已有2人参与

我最近要做无缝克隆,有以下问题,请各位大神帮忙,谢谢!!
1:获得线性载体的话,是用一种酶切,还是用两种酶切? 酶切之后都要割胶回收吗?
2:无缝克隆的时候,需要考虑目的基因会不会移码这个问题吗?(这个是最重要的)
3:无缝克隆的时候,设计引物时,与线性载体重合的部分应该是是下图中 红色的一组 还是绿色的一组?
请各位指导,谢谢!!!!!

有关无缝克隆的,求助!!!!
问题3图.PNG
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辟邪
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 那雨那女孩 at 2016-01-19 19:04:41
可是,我的载体和目的基因都有ATG,是不是需要考虑会不会移码的问题? 载体ATG和目的基因ATG之间的碱基数是3的倍数。...

这个就需要考虑的,一般载体上的ATG前面会有RBS区域,因此大多数都是从载体上的ATG开始翻译的,此时需要考虑移码问题,如果要调整移码,可以通过引物在基因的ATG前面增减碱基,不要引入终止密码子就好了~
5楼2016-01-20 08:44:12
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江苏虞游

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 那雨那女孩 at 2016-01-22 10:35:09
嗯嗯,谢谢!我想问一下,由于酶切有一个同源臂是少了几个碱基的,就是和目的基因之间有5,6个碱基的gap,pcr时有关系吗?
...

来晚了,不好意思哈,问题解决了吗?如果没有解决的话,同源臂一定要和载体上的一样,同源臂不会影响PCR扩增。
10楼2016-02-29 16:30:13
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
那雨那女孩: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢!!第3个问题,我画了一下,发现太白痴了。谢谢!!! 2016-01-19 16:04:56
1. 我推荐双酶切,因为双酶切可以最大程度避免载体自连,无缝克隆酶中有的会有连接酶存在。建议跑电泳,并做空白对照以确保切开。如果您的质粒不太大,我非常推荐使用反向PCR方式进行载体线性化,这样假阳性比较少。
2.一般基因都是自带ATG的吧,所以一般不需要考虑移码,如果是从质粒上的ATG开始翻译,那么需要考虑移码问题了。具体地方式跟传统的酶切连接是一样的。
3. 红色还是绿色我看不太懂,红色的应该跟质粒序列一样对吧,那就把红色的那段序列放到基因正向引物前面,后面红色那段方向互补之后,放到基因反向引物的前面就ok了
2楼2016-01-19 15:22:40
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那雨那女孩

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lifechuteng at 2016-01-19 15:22:40
1. 我推荐双酶切,因为双酶切可以最大程度避免载体自连,无缝克隆酶中有的会有连接酶存在。建议跑电泳,并做空白对照以确保切开。如果您的质粒不太大,我非常推荐使用反向PCR方式进行载体线性化,这样假阳性比较少。 ...

可是,我的载体和目的基因都有ATG,是不是需要考虑会不会移码的问题? 载体ATG和目的基因ATG之间的碱基数是3的倍数。
辟邪
3楼2016-01-19 19:04:41
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那雨那女孩

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lifechuteng at 2016-01-19 15:22:40
1. 我推荐双酶切,因为双酶切可以最大程度避免载体自连,无缝克隆酶中有的会有连接酶存在。建议跑电泳,并做空白对照以确保切开。如果您的质粒不太大,我非常推荐使用反向PCR方式进行载体线性化,这样假阳性比较少。 ...

载体不止一个ATG,是不是从载体promoter区的第一个ATG开始数到目的基因ATG之间的碱基数是3的倍数??
辟邪
4楼2016-01-19 19:07:00
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lifechuteng

新虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by 那雨那女孩 at 2016-01-19 19:07:00
载体不止一个ATG,是不是从载体promoter区的第一个ATG开始数到目的基因ATG之间的碱基数是3的倍数??...

一般载体promoter后面会标注出RBS位点和后面的ATG,这样的话,跟后面基因的ATG必须为3的倍数。
方便的话,可以上传一下您的质粒图谱~
6楼2016-01-20 08:45:51
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那雨那女孩

新虫 (小有名气)

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6楼: Originally posted by lifechuteng at 2016-01-20 08:45:51
一般载体promoter后面会标注出RBS位点和后面的ATG,这样的话,跟后面基因的ATG必须为3的倍数。
方便的话,可以上传一下您的质粒图谱~...

恩恩,谢谢!!!!
辟邪
7楼2016-01-20 09:52:27
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江苏虞游

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
那雨那女孩: 金币+15, ★★★很有帮助, 谢谢!!! 2016-01-23 13:54:41
最近刚做完Seamless,酶切位点的选择是双酶切;其次最为关键的就是同源臂的设计,在此基础上加上你的目的基因引物,高保真PCR扩增后回收片段,当然在此之间要考虑移码的问题,目的基因3端根据需要考虑是否加终止密码子;最后红绿代表的意思没看太明白,简单地说,同源臂有两个,其实就可以把它们看成一对引物,这样就简单多了。祝好
8楼2016-01-21 01:04:30
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那雨那女孩

新虫 (小有名气)

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8楼: Originally posted by 江苏虞游 at 2016-01-21 01:04:30
最近刚做完Seamless,酶切位点的选择是双酶切;其次最为关键的就是同源臂的设计,在此基础上加上你的目的基因引物,高保真PCR扩增后回收片段,当然在此之间要考虑移码的问题,目的基因3端根据需要考虑是否加终止密码 ...

嗯嗯,谢谢!我想问一下,由于酶切有一个同源臂是少了几个碱基的,就是和目的基因之间有5,6个碱基的gap,pcr时有关系吗?

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辟邪
9楼2016-01-22 10:35:09
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