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[求助]
挑菌测序，整成这样婶儿的结果，也是跪 已有1人参与
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用植物材料提取的RNA、逆转录后作为模板PCR，之后连T载体挑菌，目标条带是1000bp,菌液PCR后只有一个接上目标条带，其他有数个连进了600bp的，想知道是什么，就一起送生工测序了。 测序结果：1000多的是目标片段，600多的中间缺400bp，其他部位和目标条带一毛一样。DNAMAN Alignment得到的。   我的想法：不可能是内含子吧，我是RNA逆转录的，引物也是按照转录组拼接得到的序列设计的。 可能1.600多的是植物自身的，是另一个基因？ 可能2.产物断裂后，自连缺失了400bp,再接入T载体？ 各位怎么想？求教！！！ |
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llsllslls92
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- 专业: 微生物生理与生物化学
【答案】应助回帖
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我觉得有两种可能 一是 设计引物时没有跨内含子设计，只要提RNA质量不好混有基因DNA就会把内含子给扩增出来 二是 基因的变位剪接导致的 有可能少的少的部分就是该基因的其中一个外显子序列 （最近做实验发现了这样的突变体了的 ） 个人观点而已～ 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-01-15 02:05:58
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-14 23:01:14
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-14 23:01:14
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What is the size of your amplification if the template uses the genomic DNA? According the results your described above, I doubt that the approximate 1000 bp fragment came from genomic DNA contaminant. Therefore, the 600 bp fragment would be the target DNA. |
2楼2016-01-11 19:39:35
3楼2016-01-11 20:59:54
4楼2016-01-11 21:08:55