应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 挑菌测序，整成这样婶儿的结果，也是跪
51/1返回列表
查看: 1522  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Ivy尘

新虫 (正式写手)

[求助] 挑菌测序，整成这样婶儿的结果，也是跪 已有1人参与

用植物材料提取的RNA、逆转录后作为模板PCR，之后连T载体挑菌，目标条带是1000bp,菌液PCR后只有一个接上目标条带，其他有数个连进了600bp的，想知道是什么，就一起送生工测序了。

测序结果：1000多的是目标片段，600多的中间缺400bp，其他部位和目标条带一毛一样。DNAMAN Alignment得到的。
挑菌测序，整成这样婶儿的结果，也是跪
挑菌测序，整成这样婶儿的结果，也是跪-1

我的想法：不可能是内含子吧，我是RNA逆转录的，引物也是按照转录组拼接得到的序列设计的。

可能1.600多的是植物自身的，是另一个基因？
可能2.产物断裂后，自连缺失了400bp,再接入T载体？

各位怎么想？求教！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2016-01-11 16:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

反应链

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Ivy尘 at 2016-01-11 20:59:54
我提取的RNA未进行去除基因组DNA操作，直接逆转录的，但是我是依照转录组拼接序列设计引物的，目标条带1000bp，应该不存在你说的问题。。...

Can you confirm that your primers designed were cross-intron? Therefore, you should use the genomic DNA as the template for a positive test.
赞一下 回复此楼
4楼2016-01-11 21:08:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

反应链

新虫 (正式写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2016-01-14 23:01:14
What is the size of your amplification if the template uses the genomic DNA?

According the results your described above, I doubt that the approximate 1000 bp fragment came from genomic DNA contaminant. Therefore, the 600 bp fragment would be the target DNA.
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2016-01-11 19:39:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ivy尘

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2016-01-11 19:39:35
What is the size of your amplification if the template uses the genomic DNA?

According the results your described above, I doubt that the approximate 1000 bp fragment came from genomic DNA contam ...

我提取的RNA未进行去除基因组DNA操作，直接逆转录的，但是我是依照转录组拼接序列设计引物的，目标条带1000bp，应该不存在你说的问题。。
赞一下 回复此楼
3楼2016-01-11 20:59:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ivy尘

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 反应链 at 2016-01-11 21:08:55
Can you confirm that your primers designed were cross-intron? Therefore, you should use the genomic DNA as the template for a positive test....

Many thanks for you kind advice. I'll try to isolate genomic DNA as template.
赞一下 回复此楼
5楼2016-01-11 22:49:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +4 西山十月 2026-08-09 6/300 2026-08-10 00:16 by liufeng0619
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +4 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-09 22:24 by otj2008
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭