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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps非周期性边界怎么实现压力控制
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feng0603

新虫 (小有名气)

[求助] lammps非周期性边界怎么实现压力控制已有3人参与

lammps中周期性边界可以通过fix npt、fix press/berendsen、fix box/relax等命令实现（上述命令只针对周期性边界条件）。故对于非周期性边界控压问题怎么实现？请大神指点！谢谢！
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1楼2016-01-06 09:37:33
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by feng0603 at 2016-01-07 23:24:43
谢谢回复！模拟中x、y方向为周期边界，z表面为自由表面，为周期性边界。自由表面暴露在0.5Pa的环境压力中，怎么实现在此压力环境中的模拟！？本人刚接触lammps不久，望大神指点！谢谢！...

假定你的表面是固定的，可以参照这个帖子里的做法

http://lammps.sandia.gov/threads/msg29869.html

请仔细阅读这个帖子，我只是粗略看了一下。

你需要定义两个group,一个叫immobile，代表固定的表面；一个叫mobile，代表可以自由运动的原子。

根据这个帖子，主要是根据这两行语句实现的
fix Ffreezestuff immobile rigid single force * off off off torque * off off off
这句话相当于把表面固定住。
fix Fmovestuff mobile npt temp 300.0 300.0 100.0 z 10000.0 10000.0
1000.0 dilate mobile
这一部分就是控压

如果你的自由表面内所有原子是活动的，这个会相对简单一些
boundary  p p f
fix 1 all npt 300.0 300.0 100.0 aniso 0.5 0.5 1000.0
这里使用aniso选项对x,y,z方向分别进行控压。
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feng0603
9楼2016-01-09 11:41:08
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feng0603

新虫 (小有名气)
自己顶一下！望大神指点！谢谢！
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2楼2016-01-06 19:17:26
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
feng0603: 金币+2 2016-01-08 19:25:48
请仔细阅读lammps手册
http://lammps.sandia.gov/doc/fix_nh.html#fix-npt-command

X, y, z cannot be barostatted if the associated dimension is not periodic.

当你的盒子在x,y,z三个方向上都是非周期性边界条件时，不能用fix npt，因为体积不可变，只能使用fix nvt
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3楼2016-01-07 12:02:46
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
feng0603: 金币+2 2016-01-08 19:13:21
对于非周期性方向的调整，可能需要自己编写程序了。
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4楼2016-01-07 19:13:45
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