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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于用lammps建立无限延伸聚合物晶体模型的问题
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1207150929

金虫 (小有名气)

[求助] 关于用lammps建立无限延伸聚合物晶体模型的问题

我现在用lammps（17 Oct 2012 version）用非平衡分子动力学的方法做聚合物晶体聚合物热导率的计算。模拟建模时，通过拓展polymer的unit cell，

生成supercell，这个supercell即为模拟的box，力场用GAFF，周期性边界条件加在box的三个方向。

我的具体建模做法如下：

1、用antechamber处理gaussian的输出文件，生成polymer单胞内单体的mol2文件和frcmod文件；

2、用tleap工具将单体的力场信息load到超胞中，生成超胞的prmtop和inpcrd文件；

3、用amber2lammps将超胞的prmtop和inpcrd文件转化成lammps可读的data文件。

但由于我需要模拟无限延伸的polymer体系，故在box的边界总会有bond穿越box的边界。所以我在使用tleap工具将单体的力场信息load到超胞中时，就有意将

polymer链最两端的原子bond到一起。这样生成的data文件并无错误信息。但之后我测试用lammps模拟能量最小化时，在log输出文件中总会出现错误信息：

Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box length，模拟过程终止。我不知道是不是我建模的过程有问题；我也不确定lammps在模拟的过程中

是否遵循最小镜像原理，如果遵循的话，lammps应该就不会误认为将链最两端的原子bond到一起，而是一个box中的最边缘原子和它近邻box中的镜像bond到一起。
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1楼2014-06-18 21:38:48
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809011916

铜虫 (小有名气)
你好请问你是否解决了这个问题，真的求你指导一下。最近我也卡这了。先谢过了！
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选择最喜欢的，专注到无情。一个，就够了。
2楼2016-02-05 07:48:10
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gaolimei55

银虫 (小有名气)
请问一下，怎么用amber2lammps将amber的文件转换为data文件？我转换时总是提醒我没有定义某个单词
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3楼2017-08-24 11:04:30
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