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1207150929金虫 (小有名气)
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关于用lammps建立无限延伸聚合物晶体模型的问题
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我现在用lammps（17 Oct 2012 version）用非平衡分子动力学的方法做聚合物晶体聚合物热导率的计算。模拟建模时，通过拓展polymer的unit cell， 生成supercell，这个supercell即为模拟的box，力场用GAFF，周期性边界条件加在box的三个方向。 我的具体建模做法如下： 1、用antechamber处理gaussian的输出文件，生成polymer单胞内单体的mol2文件和frcmod文件； 2、用tleap工具将单体的力场信息load到超胞中，生成超胞的prmtop和inpcrd文件； 3、用amber2lammps将超胞的prmtop和inpcrd文件转化成lammps可读的data文件。 但由于我需要模拟无限延伸的polymer体系，故在box的边界总会有bond穿越box的边界。所以我在使用tleap工具将单体的力场信息load到超胞中时，就有意将 polymer链最两端的原子bond到一起。这样生成的data文件并无错误信息。但之后我测试用lammps模拟能量最小化时，在log输出文件中总会出现错误信息： Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box length，模拟过程终止。我不知道是不是我建模的过程有问题；我也不确定lammps在模拟的过程中 是否遵循最小镜像原理，如果遵循的话，lammps应该就不会误认为将链最两端的原子bond到一起，而是一个box中的最边缘原子和它近邻box中的镜像bond到一起。 |
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