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liuchenhan

新虫 (小有名气)

[求助] 关于石墨加压的lammps模拟

小弟希望做lammps加压下石墨晶格常数的变化。
要求:c-axis 方向加1GPa,面内不加压,自由变化,温度要设在300K.以下是我的脚本。

# simulation
# Initialization
variable dt equal 0.0005

variable Tstart equal 1000.0
variable Tstop  equal 300.0
variable Tdamp  equal 100.0*${dt}

variable Pstart equal 10.0
variable Pstop  equal 10.0
variable Pdamp  equal 1000.0*${dt}

units             metal
dimension         3
newton            on
boundary          p p p
atom_style        atomic
neighbor          0.3    nsq
neigh_modify      check  yes
read_data         nanonew.xyz

# tersoff
pair_style        hybrid tersoff lj/cut 8.5
pair_coeff        * * tersoff Cnew.tersoff  C C C C C C C C
pair_coeff        1 2 lj/cut  0.0024 3.4 #8.5 3.4
pair_coeff        1 3 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        1 4 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        1 5 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        1 6 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        1 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        1 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        2 3 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        2 4 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        2 5 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        2 6 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        2 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        2 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        3 4 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        3 5 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        3 6 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        3 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        3 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        4 5 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        4 6 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        4 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        4 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        5 6 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        5 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        5 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        6 7 lj/cut  0.0024 3.4
pair_coeff        6 8 lj/cut  0.0024 3.4

pair_coeff        7 8 lj/cut  0.0024 3.4

velocity all create ${Tstart} 1000001 mom yes rot yes dist gaussian

fix  NPT all npt temp ${Tstart} ${Tstop} ${Tdamp} x 10.0 10.0 1000.0*${dt}  y 10.0 10.0 1000.0*${dt} z 1000.0 1000.0 1000.0*${dt}

variable    V equal  vol
variable    LX equal lx
variable    LY equal ly
variable    LZ equal lz
variable    T equal temp
variable    PE equal pe
variable    E equal etotal

fix VOL all print 100 "$V ${LX} ${LY} ${LZ}" file volume.txt screen no
fix TE all print 100 "$T ${PE} $E" file TE.txt screen no

run 1000000

问题:1、周期性边界条件加的对不对,不对的话应该怎么改;
          2、压强加的对不对,不对的话应该怎么改;加压强时需要周期性边界条件吗?
          3、脚本还有哪些错误的地方,麻烦指出
非常感谢大神能为小弟指点迷津,刚刚入门,还望海涵,拜托啦。
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liuchenhan

新虫 (小有名气)

对我的问题帮助不大,但还是谢谢啊。
2楼2014-02-25 17:38:48
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