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zealoushebe

木虫 (初入文坛)

[求助] 提取动物DNA样品,260/280偏低,怎么纯化? 已有2人参与

我在做DNA条形码研究,用天根试剂盒提取昆虫类动物DNA样品,超微量紫外测定结果2260/280普遍低于1.80。怀疑有蛋白质污染,这样的DNA能不能用于普通PCR扩增?我的DNA样品大概有50μL,有没有什么办法纯化一下呢?
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uulovelyuu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
zealoushebe: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-12-11 21:10:51
普通的PCR问题不大,但是最好还是提高下纯度,不然后续实验失败原因都不好找。

你考虑下是不是裂解的时候样本量太大,导致裂解不充分所致?样品量并非多多益善。严格按照说明书步骤来提取,一般问题不大。
2楼2015-12-11 16:36:18
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hcf321283

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
zealoushebe: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-12-11 21:32:50
偏低多少?PCR要求最好1.6-2.0之间,低于1.0后就重新纯化下吧,如果还在1.0以上,普通PCR基本没有问题,20ul体系25-75ng模板效果比较好。
3楼2015-12-11 16:44:05
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普通回帖

zealoushebe

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hcf321283 at 2015-12-11 16:44:05
偏低多少?PCR要求最好1.6-2.0之间,低于1.0后就重新纯化下吧,如果还在1.0以上,普通PCR基本没有问题,20ul体系25-75ng模板效果比较好。

大概1.4左右,以前的都是2.0-2.1之间,有些DNA样品溶液有颜色,这会有影响么?
4楼2015-12-11 21:09:39
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zealoushebe

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uulovelyuu at 2015-12-11 16:36:18
普通的PCR问题不大,但是最好还是提高下纯度,不然后续实验失败原因都不好找。

你考虑下是不是裂解的时候样本量太大,导致裂解不充分所致?样品量并非多多益善。严格按照说明书步骤来提取,一般问题不大。

具体应该怎么纯化呢?有说用氯仿萃取的,但是我DNA体积只有50μl,如果萃取估计不剩啥了
5楼2015-12-11 21:12:01
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zealoushebe

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uulovelyuu at 2015-12-11 16:36:18
普通的PCR问题不大,但是最好还是提高下纯度,不然后续实验失败原因都不好找。

你考虑下是不是裂解的时候样本量太大,导致裂解不充分所致?样品量并非多多益善。严格按照说明书步骤来提取,一般问题不大。

如果不影响PCR出条带,产物直接测序会不会有影响呢?
6楼2015-12-11 21:12:56
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hcf321283

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zealoushebe at 2015-12-11 21:09:39
大概1.4左右,以前的都是2.0-2.1之间,有些DNA样品溶液有颜色,这会有影响么?...

没啥事!只要你PCR出了,测序的话只要测序公司技术员不傻,就能出

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7楼2015-12-11 21:20:24
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zealoushebe

木虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by hcf321283 at 2015-12-11 21:20:24
没啥事!只要你PCR出了,测序的话只要测序公司技术员不傻,就能出...

这样就太好了,谢谢!

发自小木虫Android客户端
8楼2015-12-11 21:32:21
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zealoushebe

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by uulovelyuu at 2015-12-11 16:36:18
普通的PCR问题不大,但是最好还是提高下纯度,不然后续实验失败原因都不好找。

你考虑下是不是裂解的时候样本量太大,导致裂解不充分所致?样品量并非多多益善。严格按照说明书步骤来提取,一般问题不大。

昨天把样品pcr了co1序列,结果没有条带,会不会是蛋白质抑制了?有没有办法除掉DNA溶液里的蛋白?

发自小木虫Android客户端
9楼2015-12-13 22:41:48
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hbsdz

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by zealoushebe at 2015-12-13 22:41:48
昨天把样品pcr了co1序列,结果没有条带,会不会是蛋白质抑制了?有没有办法除掉DNA溶液里的蛋白?
...

提取的DNA应该浓度不低,如果存在蛋白污染,那将DNA提取液稀释10倍或者100倍后再进行PCR就没有任何问题了。
我的邮箱:hbsdzml@163.com
10楼2015-12-14 21:41:25
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