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heihei2866

铁虫 (正式写手)

[求助] 基因组测序结果提交NCBI的困惑 已有1人参与

各位大神,本人前期委托公司对一个细菌的基因组进行了测序,想在genome announcement上发表一个小文章,但是前提是要公布基因组,在提交的过程中遇到了几个问题,1. 是否需要在SRA提交原始数据?2. 我拿到的数据是拼接到scaffold的,论文里面也提到了scaffold,我现在只想提交contig,可以吗?因为公司没有提供AGP文件,我无法将contig和scaffold对应;3. 是否必须要提交基因组注释文件,要是提供的话需要转化成sqn吗?怎么转化啊?本人纯外行一个,所以问题比较多,希望高手能提供帮助,不胜感激啊
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y3211512

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by heihei2866 at 2015-11-20 08:44:19
呵呵,你现在到哪一步啦?给我讲讲,我好帮你问问...

就是提取了出来,然后去跑液相,用乙腈:水15:85跑出来比较好的峰形,有大概八个峰,然后用凝胶柱接了100瓶,可是只在32瓶得到了比较纯的亚油酸,不是我需要的活性产物,我现在就想知道里面有哪些东西,大神有办法吗?

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新人求教
8楼2015-11-20 09:29:12
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y3211512

银虫 (初入文坛)

大神你好,我看您去年发布了一个求未知化合物分离和结构鉴定的帖子,请问你后来是否解决问题了呢,我最近也在做这个,也是一个微生物的天然产物,做了很久没做出来,想请教一下你!!
新人求教
2楼2015-11-19 11:35:03
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heihei2866

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by y3211512 at 2015-11-19 11:35:03
大神你好,我看您去年发布了一个求未知化合物分离和结构鉴定的帖子,请问你后来是否解决问题了呢,我最近也在做这个,也是一个微生物的天然产物,做了很久没做出来,想请教一下你!!

嘿嘿,我们实验室后来来了位做分离和结构鉴定的专家,他帮我把问题解决了
3楼2015-11-19 20:40:35
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dsrocean

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
heihei2866: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2015-12-23 17:31:25
我去年提交的部分全基因组序列。序列可以提交至ncbi,我采用的在线提交,未提交的原始序列,可以仅仅提交contig。可以不注释。

发自小木虫Android客户端
4楼2015-11-20 02:42:11
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