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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因组测序结果提交NCBI的困惑
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heihei2866

铁虫 (正式写手)

[求助] 基因组测序结果提交NCBI的困惑 已有1人参与

各位大神，本人前期委托公司对一个细菌的基因组进行了测序，想在genome announcement上发表一个小文章，但是前提是要公布基因组，在提交的过程中遇到了几个问题，1. 是否需要在SRA提交原始数据？2. 我拿到的数据是拼接到scaffold的，论文里面也提到了scaffold，我现在只想提交contig，可以吗？因为公司没有提供AGP文件，我无法将contig和scaffold对应；3. 是否必须要提交基因组注释文件，要是提供的话需要转化成sqn吗？怎么转化啊？本人纯外行一个，所以问题比较多，希望高手能提供帮助，不胜感激啊
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1楼 2015-11-19 09:29:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dsrocean

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
heihei2866: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2015-12-23 17:31:25
我去年提交的部分全基因组序列。序列可以提交至ncbi，我采用的在线提交，未提交的原始序列，可以仅仅提交contig。可以不注释。

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4楼2015-11-20 02:42:11
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y3211512

银虫 (初入文坛)
大神你好，我看您去年发布了一个求未知化合物分离和结构鉴定的帖子，请问你后来是否解决问题了呢，我最近也在做这个，也是一个微生物的天然产物，做了很久没做出来，想请教一下你！！
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新人求教
2楼2015-11-19 11:35:03
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heihei2866

铁虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by y3211512 at 2015-11-19 11:35:03
大神你好，我看您去年发布了一个求未知化合物分离和结构鉴定的帖子，请问你后来是否解决问题了呢，我最近也在做这个，也是一个微生物的天然产物，做了很久没做出来，想请教一下你！！

嘿嘿，我们实验室后来来了位做分离和结构鉴定的专家，他帮我把问题解决了
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3楼2015-11-19 20:40:35
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y3211512

银虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by heihei2866 at 2015-11-19 20:40:35
嘿嘿，我们实验室后来来了位做分离和结构鉴定的专家，他帮我把问题解决了...

那能不能大概给我说下是怎么做的啊。。因为我现在也卡在这一块好久了。。做不出来啊！大神，拜托你了！救命啊！

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新人求教
5楼2015-11-20 08:34:02
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heihei2866

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4楼: Originally posted by dsrocean at 2015-11-20 02:42:11
我去年提交的部分全基因组序列。序列可以提交至ncbi，我采用的在线提交，未提交的原始序列，可以仅仅提交contig。可以不注释。

这样发文章的时候编辑不会质疑结果吗？还是只要有登录号就可以啊？非常感谢！
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6楼2015-11-20 08:41:49
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heihei2866

铁虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by y3211512 at 2015-11-20 08:34:02
那能不能大概给我说下是怎么做的啊。。因为我现在也卡在这一块好久了。。做不出来啊！大神，拜托你了！救命啊！
...

呵呵，你现在到哪一步啦？给我讲讲，我好帮你问问
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7楼2015-11-20 08:44:19
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y3211512

银虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by heihei2866 at 2015-11-20 08:44:19
呵呵，你现在到哪一步啦？给我讲讲，我好帮你问问...

就是提取了出来，然后去跑液相，用乙腈:水15:85跑出来比较好的峰形，有大概八个峰，然后用凝胶柱接了100瓶，可是只在32瓶得到了比较纯的亚油酸，不是我需要的活性产物，我现在就想知道里面有哪些东西，大神有办法吗？

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新人求教
8楼2015-11-20 09:29:12
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heihei2866

铁虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by y3211512 at 2015-11-20 09:29:12
就是提取了出来，然后去跑液相，用乙腈:水15:85跑出来比较好的峰形，有大概八个峰，然后用凝胶柱接了100瓶，可是只在32瓶得到了比较纯的亚油酸，不是我需要的活性产物，我现在就想知道里面有哪些东西，大神有办法吗 ...

能不能做HPLC-MS？或者制备液相来制备？你的物质是哪一类？你怎么鉴定的亚油酸？能不能用相同方法来鉴定其他物质？
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9楼2015-11-20 14:33:27
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y3211512

银虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by heihei2866 at 2015-11-20 14:33:27
能不能做HPLC-MS？或者制备液相来制备？你的物质是哪一类？你怎么鉴定的亚油酸？能不能用相同方法来鉴定其他物质？...

液质联用还没做，可是做了好像也只知道分子量，制备色谱上只有一个峰，不知道是不是我们这边的制备色谱坏了，亚油酸是过凝胶柱分离出来了单体做ei鉴定出来的，可是过凝胶柱其他的样都是混合的，无法鉴别啊！

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新人求教
10楼2015-11-20 14:47:03
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