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changmaster

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序后分析相关 已有4人参与

在诺禾做的转录组测序,总共4个样,一个对照,3个不同时间的处理样。对材料进行3h,6h,9h的胁迫处理,获得的3个处理样。看文献好像大多数学者都把不同时间的处理样进行混合,然后测序,最后只需要分析处理样跟对照两个进行比较。我当初测序的时候不懂,听了公司销售人员的话(多测钱多),没有混合,导致现在不知道该怎么分析。请问有没有哪位大侠可以给点建议的,感激不尽!
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changmaster

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ahnuzc at 2015-10-11 11:57:04
你把所有处理组混合了,那分时间点还有什么意义?比较肯定是两两比较,如楼上所说你可以把每个时间点的处理都和对照比,这样会产生三组差异表达基因,代表的是不同时间处理的差异。你可以从这三组差异表达基因里面找 ...

很有帮助!非常感谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
做自己,不试图成为任何人
7楼2015-10-12 08:52:46
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yuanuancao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:41
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因,以及对照与3个处理样共有的差异基因

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-10-10 08:49:40
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英子~

金虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因,以及对照与3个处理样共有的差异基因

愿闻其详!我也是跟楼上共同的问题。具体操作是什么呢?有相关指导书么?
3楼2015-10-10 12:45:05
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changmaster

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因,以及对照与3个处理样共有的差异基因

看了很多文献,大多转录组高通量分析,最后都是对照跟处理组两个相比,然后分析下差异,我这个处理组相当于有3个,最后在论文里不知道该怎么呈现呢  大侠,你有做过相关方面的吗 感谢感谢
做自己,不试图成为任何人
4楼2015-10-10 16:53:50
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