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changmaster新虫 (小有名气)
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高通量测序后分析相关已有4人参与
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| 在诺禾做的转录组测序，总共4个样，一个对照，3个不同时间的处理样。对材料进行3h，6h，9h的胁迫处理，获得的3个处理样。看文献好像大多数学者都把不同时间的处理样进行混合，然后测序，最后只需要分析处理样跟对照两个进行比较。我当初测序的时候不懂，听了公司销售人员的话（多测钱多），没有混合，导致现在不知道该怎么分析。请问有没有哪位大侠可以给点建议的，感激不尽！ |
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:54
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:54
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你把所有处理组混合了，那分时间点还有什么意义？比较肯定是两两比较，如楼上所说你可以把每个时间点的处理都和对照比，这样会产生三组差异表达基因，代表的是不同时间处理的差异。你可以从这三组差异表达基因里面找出重叠的基因，应该是比较commn的对胁迫响应的基因，其他不重叠的就是时间点特异的了，这里应该有很多可以做的 发自小木虫IOS客户端 |
changmaster6楼2015-10-11 11:57:04
yuanuancao
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:41
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:41
| 可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2015-10-10 08:49:40
3楼2015-10-10 12:45:05
changmaster
新虫 (小有名气)
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4楼2015-10-10 16:53:50