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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 高通量测序后分析相关
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changmaster

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序后分析相关 已有4人参与

在诺禾做的转录组测序，总共4个样，一个对照，3个不同时间的处理样。对材料进行3h，6h，9h的胁迫处理，获得的3个处理样。看文献好像大多数学者都把不同时间的处理样进行混合，然后测序，最后只需要分析处理样跟对照两个进行比较。我当初测序的时候不懂，听了公司销售人员的话（多测钱多），没有混合，导致现在不知道该怎么分析。请问有没有哪位大侠可以给点建议的，感激不尽！
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做自己，不试图成为任何人
1楼 2015-10-09 15:34:39
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yuanuancao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:41
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因
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changmaster
2楼2015-10-10 08:49:40
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ahnuzc

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:54
你把所有处理组混合了，那分时间点还有什么意义？比较肯定是两两比较，如楼上所说你可以把每个时间点的处理都和对照比，这样会产生三组差异表达基因，代表的是不同时间处理的差异。你可以从这三组差异表达基因里面找出重叠的基因，应该是比较commn的对胁迫响应的基因，其他不重叠的就是时间点特异的了，这里应该有很多可以做的

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changmaster
6楼2015-10-11 11:57:04
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幽幽深谷竹

金虫 (著名写手)

骨子里是文科男的理科男

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:59:14
这其实是测序公司没有跟你说清楚，或者想让你多测几个样。一般来说，测序分析就是两组进行比对。你的时间点本是预实验该做的事情，通过预实验，找到最合适的一个时间点，然后做测序，分析。

既然已经测了，说责备谁的话也没用。建议你分析一下3个时间点的数据与对照组的差异，选择差异最大的一个进行详细分析。如此即可！
如果还有什么不懂，欢迎私信。
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changmaster
我就是我IamwhatIam
8楼2015-10-17 23:42:03
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幽幽深谷竹

金虫 (著名写手)

骨子里是文科男的理科男
引用回帖:
9楼: Originally posted by changmaster at 2015-10-19 07:00:49
说的太对了，就是最开始测的时候，自己不懂，公司销售让测4个样，现在发现，纯属想多赚钱，坑我。就按大侠说的，分析看，感谢！
...

不客气。有什么问题，可以再问
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我就是我IamwhatIam
10楼2015-10-19 09:56:45
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普通回帖

英子～

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因

愿闻其详！我也是跟楼上共同的问题。具体操作是什么呢？有相关指导书么？
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3楼2015-10-10 12:45:05
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changmaster

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因

看了很多文献，大多转录组高通量分析，最后都是对照跟处理组两个相比，然后分析下差异，我这个处理组相当于有3个，最后在论文里不知道该怎么呈现呢  大侠，你有做过相关方面的吗 感谢感谢
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做自己，不试图成为任何人
4楼2015-10-10 16:53:50
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changmaster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 英子～ at 2015-10-10 12:45:05
愿闻其详！我也是跟楼上共同的问题。具体操作是什么呢？有相关指导书么？...

你也是做转录组的吗，说说你的情况呗，可以共同学习
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做自己，不试图成为任何人
5楼2015-10-10 16:55:32
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changmaster

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ahnuzc at 2015-10-11 11:57:04
你把所有处理组混合了，那分时间点还有什么意义？比较肯定是两两比较，如楼上所说你可以把每个时间点的处理都和对照比，这样会产生三组差异表达基因，代表的是不同时间处理的差异。你可以从这三组差异表达基因里面找 ...

很有帮助！非常感谢

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做自己，不试图成为任何人
7楼2015-10-12 08:52:46
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changmaster

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by 幽幽深谷竹 at 2015-10-17 23:42:03
这其实是测序公司没有跟你说清楚，或者想让你多测几个样。一般来说，测序分析就是两组进行比对。你的时间点本是预实验该做的事情，通过预实验，找到最合适的一个时间点，然后做测序，分析。

既然已经测了，说责备 ...

说的太对了，就是最开始测的时候，自己不懂，公司销售让测4个样，现在发现，纯属想多赚钱，坑我。就按大侠说的，分析看，感谢！

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做自己，不试图成为任何人
9楼2015-10-19 07:00:49
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