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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 高通量测序后分析相关
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changmaster

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序后分析相关 已有4人参与

在诺禾做的转录组测序，总共4个样，一个对照，3个不同时间的处理样。对材料进行3h，6h，9h的胁迫处理，获得的3个处理样。看文献好像大多数学者都把不同时间的处理样进行混合，然后测序，最后只需要分析处理样跟对照两个进行比较。我当初测序的时候不懂，听了公司销售人员的话（多测钱多），没有混合，导致现在不知道该怎么分析。请问有没有哪位大侠可以给点建议的，感激不尽！
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做自己，不试图成为任何人
1楼 2015-10-09 15:34:39
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幽幽深谷竹

金虫 (著名写手)

骨子里是文科男的理科男

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:59:14
这其实是测序公司没有跟你说清楚，或者想让你多测几个样。一般来说，测序分析就是两组进行比对。你的时间点本是预实验该做的事情，通过预实验，找到最合适的一个时间点，然后做测序，分析。

既然已经测了，说责备谁的话也没用。建议你分析一下3个时间点的数据与对照组的差异，选择差异最大的一个进行详细分析。如此即可！
如果还有什么不懂，欢迎私信。
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changmaster
我就是我IamwhatIam
8楼2015-10-17 23:42:03
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yuanuancao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:41
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

changmaster
2楼2015-10-10 08:49:40
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英子～

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因

愿闻其详！我也是跟楼上共同的问题。具体操作是什么呢？有相关指导书么？
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3楼2015-10-10 12:45:05
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changmaster

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuanuancao at 2015-10-10 08:49:40
可以分别分析对照与3个处理样的差异基因，以及对照与3个处理样共有的差异基因

看了很多文献，大多转录组高通量分析，最后都是对照跟处理组两个相比，然后分析下差异，我这个处理组相当于有3个，最后在论文里不知道该怎么呈现呢  大侠，你有做过相关方面的吗 感谢感谢
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做自己，不试图成为任何人
4楼2015-10-10 16:53:50
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