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changmaster

新虫 (小有名气)

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专业: 水产生物遗传育种学

[求助] 高通量测序后分析相关已有4人参与

在诺禾做的转录组测序，总共4个样，一个对照，3个不同时间的处理样。对材料进行3h，6h，9h的胁迫处理，获得的3个处理样。看文献好像大多数学者都把不同时间的处理样进行混合，然后测序，最后只需要分析处理样跟对照两个进行比较。我当初测序的时候不懂，听了公司销售人员的话（多测钱多），没有混合，导致现在不知道该怎么分析。请问有没有哪位大侠可以给点建议的，感激不尽！

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求助高通量相关文献已经有1人回复
高通量测序数据处理已经有0人回复

做自己，不试图成为任何人

1楼 2015-10-09 15:34:39

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ahnuzc

木虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
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专业: 细胞生物学

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-10-19 22:58:54

你把所有处理组混合了，那分时间点还有什么意义？比较肯定是两两比较，如楼上所说你可以把每个时间点的处理都和对照比，这样会产生三组差异表达基因，代表的是不同时间处理的差异。你可以从这三组差异表达基因里面找出重叠的基因，应该是比较commn的对胁迫响应的基因，其他不重叠的就是时间点特异的了，这里应该有很多可以做的

发自小木虫IOS客户端