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怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！已有2人参与
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在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。 已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。 头疼中…… 等待高手。 |
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fengjunchen
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
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不知你是要特有序列做啥……如果是FISH那类的原位分析，最好能找到相应的文献直接用人家的探针序列，比新手自己设计靠谱；如果是想设计引物pcr鉴定样品里有没有假单胞菌，先要确定用哪个基因检测，最好是假单胞菌特有的功能基因。 自己设计引物的话蛮麻烦的，最好能搜文献找到别人已设计好的，不然新手自己设计不一定好用。 如果非得自己设计，那么就在ncbi的序列搜索中搜索那个基因的序列，右侧filter下面根据物种的tree来选择所有假单胞菌的序列来分析其保守序列，我是用DNAman看序列比对；再下载此功能基因在其他科属中存在的序列，其他一个属下载一两条即可，然后分析上面找的那些保守序列哪些是假单胞菌特有的，就可以按照这些特有的保守序列设计引物。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2015-10-01 10:39:12
2楼2015-09-29 19:18:20
3楼2015-09-30 23:38:13
4楼2015-10-01 10:23:42
5楼2015-10-01 10:29:56
7楼2015-10-02 20:56:42
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这位chen大哥所讲有操作步骤，我想问一下，假单胞菌属基因好处理，但是如何把它和其他物种区分开呢？其他物种是随便选一些还是怎么处理呢……？ 另外，最终是想把它和其他物种的全序列分开，只用blast只查到其他物种的16S序列。我想问，16S序列是物种基因里最保守的部分，一个物种的16S会与其他物种全基因组中的某段序列相同吗？ 我想和自己的全基因组不太会，但是和其他物种应该会的。这种情况下，要达到原来的目的，处理思路是怎样的呢？ 发自小木虫Android客户端 |
8楼2015-10-02 21:15:40
fengjunchen
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以16s为例，其序列还是相对保守的，保守区与可变区交错分布。像环境样品的二代测序确定种群分布，很多就是根据保守区来设计引物测可变区的序列（比如V3-V5），测序后就能知道样品里有啥物种了。具体我忘了精确度了，好像是能到 属 的？你自己查查看吧，16s二代测序和FISH的知识背景，应该能给你些启发的；当然可能也只是启发和借鉴，似乎和你想做的活儿还不太一样。真让我细解释我也说不清楚 (>_<  发自小木虫Android客户端 |
9楼2015-10-03 01:04:35
10楼2015-10-03 09:27:56