| 查看: 2250 | 回复: 12 | |||
[求助]
怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！ 已有2人参与
|
|||
|
在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。 已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。 头疼中…… 等待高手。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【资源-分享】 |
» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有188人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
fengjunchen
铜虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 743.6
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 77小时
- 虫号: 3548432
- 注册: 2014-11-20
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
|
不知你是要特有序列做啥……如果是FISH那类的原位分析，最好能找到相应的文献直接用人家的探针序列，比新手自己设计靠谱；如果是想设计引物pcr鉴定样品里有没有假单胞菌，先要确定用哪个基因检测，最好是假单胞菌特有的功能基因。 自己设计引物的话蛮麻烦的，最好能搜文献找到别人已设计好的，不然新手自己设计不一定好用。 如果非得自己设计，那么就在ncbi的序列搜索中搜索那个基因的序列，右侧filter下面根据物种的tree来选择所有假单胞菌的序列来分析其保守序列，我是用DNAman看序列比对；再下载此功能基因在其他科属中存在的序列，其他一个属下载一两条即可，然后分析上面找的那些保守序列哪些是假单胞菌特有的，就可以按照这些特有的保守序列设计引物。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2015-10-01 10:39:12
2楼2015-09-29 19:18:20
3楼2015-09-30 23:38:13
4楼2015-10-01 10:23:42
5楼2015-10-01 10:29:56
7楼2015-10-02 20:56:42
|
这位chen大哥所讲有操作步骤，我想问一下，假单胞菌属基因好处理，但是如何把它和其他物种区分开呢？其他物种是随便选一些还是怎么处理呢……？ 另外，最终是想把它和其他物种的全序列分开，只用blast只查到其他物种的16S序列。我想问，16S序列是物种基因里最保守的部分，一个物种的16S会与其他物种全基因组中的某段序列相同吗？ 我想和自己的全基因组不太会，但是和其他物种应该会的。这种情况下，要达到原来的目的，处理思路是怎样的呢？ 发自小木虫Android客户端 |
8楼2015-10-02 21:15:40
fengjunchen
铜虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 743.6
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 77小时
- 虫号: 3548432
- 注册: 2014-11-20
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
|
以16s为例，其序列还是相对保守的，保守区与可变区交错分布。像环境样品的二代测序确定种群分布，很多就是根据保守区来设计引物测可变区的序列（比如V3-V5），测序后就能知道样品里有啥物种了。具体我忘了精确度了，好像是能到 属 的？你自己查查看吧，16s二代测序和FISH的知识背景，应该能给你些启发的；当然可能也只是启发和借鉴，似乎和你想做的活儿还不太一样。真让我细解释我也说不清楚 (>_<  发自小木虫Android客户端 |
9楼2015-10-03 01:04:35
10楼2015-10-03 09:27:56
