应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！
51/1返回列表
查看: 2261  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

梦黎科研

金虫 (小有名气)

[求助] 怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！ 已有2人参与

在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。
已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。
头疼中……
等待高手。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

【资源-分享】

» 猜你喜欢
1楼 2015-09-29 11:48:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦黎科研

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fengjunchen at 2015-10-01 10:39:12
不知你是要特有序列做啥……如果是FISH那类的原位分析，最好能找到相应的文献直接用人家的探针序列，比新手自己设计靠谱；如果是想设计引物pcr鉴定样品里有没有假单胞菌，先要确定用哪个基因检测，最好是假单胞菌特 ...

这位chen大哥所讲有操作步骤，我想问一下，假单胞菌属基因好处理，但是如何把它和其他物种区分开呢？其他物种是随便选一些还是怎么处理呢……？
另外，最终是想把它和其他物种的全序列分开，只用blast只查到其他物种的16S序列。我想问，16S序列是物种基因里最保守的部分，一个物种的16S会与其他物种全基因组中的某段序列相同吗？
我想和自己的全基因组不太会，但是和其他物种应该会的。这种情况下，要达到原来的目的，处理思路是怎样的呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2015-10-02 21:15:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在NCBI的nuleotide数据库中搜索假单胞菌属（英文名称）的序列。
赞一下 回复此楼
2楼2015-09-29 19:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦黎科研

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2015-09-29 19:18:20
在NCBI的nuleotide数据库中搜索假单胞菌属（英文名称）的序列。

能具体点吗？怎样拿到其特有序列呢？
最终目的，是今后在重新检测一个菌是否为该菌时，只用特有序列设计出来的引物扩增有条带即可。还请不吝赐教。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2015-09-30 23:38:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
梦黎科研: 金币+1, ★有帮助 2015-10-02 21:16:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-09-30 23:38:13
能具体点吗？怎样拿到其特有序列呢？
最终目的，是今后在重新检测一个菌是否为该菌时，只用特有序列设计出来的引物扩增有条带即可。还请不吝赐教。
...

那你首先要通过查资料筛选某种细菌特有的基因，然后再设计这种基因的引物。你的想法很好，不过个人觉得你的目的很难实现，要想鉴定细菌还是要通过测序比较保险。
赞一下 回复此楼
4楼2015-10-01 10:23:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿085502，267分求调剂 +14 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 15/750 2026-04-12 22:33 by fqwang
[考研] 277求调剂 +22 倪建设 2026-04-06 22/1100 2026-04-12 18:18 by 学zh
[基金申请] 山东省基金2026 +5 jerry681 2026-04-08 6/300 2026-04-12 08:33 by kudofaye
[考研] 347求调剂 +4 mhyqyy 2026-04-06 4/200 2026-04-12 02:27 by 秋豆菜芽
[考研] 266求调剂，一志愿哈工程电子信息，本科获多项国奖和省奖 +8 lumine1 2026-04-06 8/400 2026-04-11 18:35 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +10 璃茉一定上岸 2026-04-10 10/500 2026-04-11 13:31 by 1005715100
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考研] 材料复试求调剂 +20 xhhdjdjsjks 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 10:25 by 孙小小12457
[考研] 招收有机化学、化工，药学，食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
[考研] 308求调剂 +17 墨墨漠 2026-04-06 17/850 2026-04-09 09:25 by 壹往無前
[考研] 085404，334分，求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 277求调剂 +4 考研调剂lxh 2026-04-06 6/300 2026-04-08 10:40 by 逆水乘风
[考研] 265求调剂 +19 小木虫085600 2026-04-06 21/1050 2026-04-08 10:38 by 逆水乘风
[考研] 22408 调剂材料 +7 我叫ez 2026-04-06 8/400 2026-04-07 17:12 by 蓝云思雨
[考研] 325 调剂 +6 QQ小虾 2026-04-07 6/300 2026-04-07 15:17 by Ccclqqq
[考研] 312求调剂 +4 LR6 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:42 by jp9609
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭