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怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！ 已有2人参与
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在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。 已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。 头疼中…… 等待高手。 |
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fengjunchen
铜虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
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- 专业: 环境微生物学
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-10-03 21:51:42
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不知你是要特有序列做啥……如果是FISH那类的原位分析，最好能找到相应的文献直接用人家的探针序列，比新手自己设计靠谱；如果是想设计引物pcr鉴定样品里有没有假单胞菌，先要确定用哪个基因检测，最好是假单胞菌特有的功能基因。 自己设计引物的话蛮麻烦的，最好能搜文献找到别人已设计好的，不然新手自己设计不一定好用。 如果非得自己设计，那么就在ncbi的序列搜索中搜索那个基因的序列，右侧filter下面根据物种的tree来选择所有假单胞菌的序列来分析其保守序列，我是用DNAman看序列比对；再下载此功能基因在其他科属中存在的序列，其他一个属下载一两条即可，然后分析上面找的那些保守序列哪些是假单胞菌特有的，就可以按照这些特有的保守序列设计引物。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2015-10-01 10:39:12
2楼2015-09-29 19:18:20
3楼2015-09-30 23:38:13
4楼2015-10-01 10:23:42
