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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！
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梦黎科研

金虫 (小有名气)

[求助] 怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！ 已有2人参与

在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。
已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。
头疼中……
等待高手。
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1楼 2015-09-29 11:48:41
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fengjunchen

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-10-02 21:15:40
这位chen大哥所讲有操作步骤，我想问一下，假单胞菌属基因好处理，但是如何把它和其他物种区分开呢？其他物种是随便选一些还是怎么处理呢……？
另外，最终是想把它和其他物种的全序列分开，只用blast只查到其他物 ...

以16s为例，其序列还是相对保守的，保守区与可变区交错分布。像环境样品的二代测序确定种群分布，很多就是根据保守区来设计引物测可变区的序列（比如V3-V5），测序后就能知道样品里有啥物种了。具体我忘了精确度了，好像是能到 属 的？你自己查查看吧，16s二代测序和FISH的知识背景，应该能给你些启发的；当然可能也只是启发和借鉴，似乎和你想做的活儿还不太一样。真让我细解释我也说不清楚 (>_<

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9楼2015-10-03 01:04:35
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在NCBI的nuleotide数据库中搜索假单胞菌属（英文名称）的序列。
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2楼2015-09-29 19:18:20
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梦黎科研

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2015-09-29 19:18:20
在NCBI的nuleotide数据库中搜索假单胞菌属（英文名称）的序列。

能具体点吗？怎样拿到其特有序列呢？
最终目的，是今后在重新检测一个菌是否为该菌时，只用特有序列设计出来的引物扩增有条带即可。还请不吝赐教。

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3楼2015-09-30 23:38:13
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
梦黎科研: 金币+1, ★有帮助 2015-10-02 21:16:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-09-30 23:38:13
能具体点吗？怎样拿到其特有序列呢？
最终目的，是今后在重新检测一个菌是否为该菌时，只用特有序列设计出来的引物扩增有条带即可。还请不吝赐教。
...

那你首先要通过查资料筛选某种细菌特有的基因，然后再设计这种基因的引物。你的想法很好，不过个人觉得你的目的很难实现，要想鉴定细菌还是要通过测序比较保险。
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4楼2015-10-01 10:23:42
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