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梦黎科研

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[求助] 怎样查找一个属的特有序列呢？求教高手！已有2人参与

在做假单胞菌属的分析，需要查找到假单胞菌属的特有基因序列，但是无从下手。
已在Goog学术，几web of science查过相关文章，大部分只是叙述了相关蛋白或功能基因，一来没有公开序列，二来也没有说明是否是该属特有的。
头疼中……
等待高手。

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1楼 2015-09-29 11:48:41

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fengjunchen

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-10-02 21:15:40
这位chen大哥所讲有操作步骤，我想问一下，假单胞菌属基因好处理，但是如何把它和其他物种区分开呢？其他物种是随便选一些还是怎么处理呢……？
另外，最终是想把它和其他物种的全序列分开，只用blast只查到其他物 ...

以16s为例，其序列还是相对保守的，保守区与可变区交错分布。像环境样品的二代测序确定种群分布，很多就是根据保守区来设计引物测可变区的序列（比如V3-V5），测序后就能知道样品里有啥物种了。具体我忘了精确度了，好像是能到属的？你自己查查看吧，16s二代测序和FISH的知识背景，应该能给你些启发的；当然可能也只是启发和借鉴，似乎和你想做的活儿还不太一样。真让我细解释我也说不清楚 (>_<