24小时热门版块排行榜    

查看: 3262  |  回复: 12

日光海

铜虫 (小有名气)

[求助] Red敲除,如何消除或降低假阳性

小弟最近做Red敲除,做了5个月了。最近遇到的问题是,敲除后12h内没长,24h后长出很小的单菌落,鉴定全是假阳性。
操作如下:平板挑单菌落(假单胞菌,L-阿拉伯糖-)接25ml(50mL管子)LB,四环素(pRKaraRed质粒)浓度12.5μg过夜培养做种子液。第二天早晨,1:100接种到新鲜LB+四环素12.5μg,加入0.2%的L-阿拉伯糖。培养至OD=0.4~0.5,冰浴菌液30min,然后离心浓缩,预冷超纯水洗涤四次,预冷10%甘油洗涤四次,200μL10%甘油重悬,取100μL+1μg打靶片段(来自pk18mobsacB),2500V,200Ω,2.5μF,电击时间显示5.1ms,加入室温LB 1mL,30℃孵育2~3h,离心,浓缩后全部涂板四环素+卡那(均10μg)平板,结果24h后才长出来一些小菌落,鉴定全是假阳性。
求大神赐教,为什么会出现这些假阳性?麻烦有经验的虫友支招怎么去除或减少假阳性?
回复此楼
周老湿
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

喵喵思密达

新虫 (初入文坛)

我的问题和楼主的一样,不知道楼主现在可解决了?
2楼2017-03-13 09:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

日光海

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 喵喵思密达 at 2017-03-13 09:39:13
我的问题和楼主的一样,不知道楼主现在可解决了?

后续尝试过这个方案,未解决。转而用同源臂质粒的老方案成功敲除了
周老湿
3楼2017-11-16 10:15:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 日光海 at 2017-11-16 10:15:19
后续尝试过这个方案,未解决。转而用同源臂质粒的老方案成功敲除了...

请问你做的是恶臭假单胞菌吗?我最近做敲除也遇到类似问题,特别头疼,能不能交流一下?
4楼2018-08-22 09:56:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

日光海

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stogqy at 2018-08-22 09:56:05
请问你做的是恶臭假单胞菌吗?我最近做敲除也遇到类似问题,特别头疼,能不能交流一下?...

你是Red敲除还是同源臂质粒敲除?有兴趣你可以尝试一下crispr/cas9敲除
周老湿
5楼2018-08-23 09:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

日光海

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by stogqy at 2018-08-22 09:56:05
请问你做的是恶臭假单胞菌吗?我最近做敲除也遇到类似问题,特别头疼,能不能交流一下?...

我做的是香鱼假单胞菌,16S鉴定为恶臭假单胞菌,他们两分类地位很近,16S序列一致。
周老湿
6楼2018-08-23 09:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 日光海 at 2018-08-23 09:18:18
我做的是香鱼假单胞菌,16S鉴定为恶臭假单胞菌,他们两分类地位很近,16S序列一致。...

我现在用的是经典法,通过自杀包含同源臂的自杀质粒进行敲除,但是只能得到单次交换的菌,一直无法拿到二次重组菌。请问你是怎么解决的呢?有没有联系方式加一下?我是上海交大的。。。
7楼2018-08-26 21:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

日光海

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by stogqy at 2018-08-26 21:51:26
我现在用的是经典法,通过自杀包含同源臂的自杀质粒进行敲除,但是只能得到单次交换的菌,一直无法拿到二次重组菌。请问你是怎么解决的呢?有没有联系方式加一下?我是上海交大的。。。...

你的意思是质粒转进去后涂布在抗性平板上能生长,但在含蔗糖的无抗平板上就不生长了?你转化是用的什么转化?化转?电转?转化后是直接涂布在含蔗糖的平板上还是先涂布在抗生素平板上的?
周老湿
8楼2018-08-27 08:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

日光海

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by stogqy at 2018-08-26 21:51:26
我现在用的是经典法,通过自杀包含同源臂的自杀质粒进行敲除,但是只能得到单次交换的菌,一直无法拿到二次重组菌。请问你是怎么解决的呢?有没有联系方式加一下?我是上海交大的。。。...

顺带说一下,我是波大的~
周老湿
9楼2018-08-27 08:13:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stogqy

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 日光海 at 2018-08-27 08:13:39
顺带说一下,我是波大的~...

哎呀,之前放暑假回家了,没看到不好意思。我现在遇到的情况就是同源臂能单交换整合上去,但是质粒骨架掉不能通过二次交换掉下来~~
10楼2018-09-07 16:17:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 日光海 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳又变了 +11 wuchongjun 2026-08-20 16/800 2026-08-20 19:26 by wuchongjun
[基金申请] 科研孤儿太难了 +9 我4大白菜 2026-08-20 9/450 2026-08-20 18:23 by 2549091707
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +9 zju2000 2026-08-16 10/500 2026-08-20 15:56 by Leogzhya
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见